Jednostka samorządu terytorialnego nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT od wydatków na realizację projektu publicznego, jeżeli inwestycja nie jest wykorzystywana do czynności opodatkowanych VAT i nie generuje przychodów.
Rekompensata otrzymywana za świadczenie usług publicznego transportu zbiorowego, nie stanowi wynagrodzenia za usługi i nie ma bezpośredniego wpływu na cenę usług. Tym samym, nie podlega opodatkowaniu VAT oraz nie wpływa na prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego.
Gmina nie ma prawa do pełnego odliczenia VAT od wydatków inwestycyjnych związanych z realizacją węzła przesiadkowego, gdyż obiekty te będą służyły zarówno do działalności gospodarczej, jak i celów publicznoprawnych. Odliczenie VAT musi być ograniczone, z wyjątkiem wydatków bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną.
Gmina, nie realizując czynności opodatkowanych VAT w związku z bezpłatnym udostępnieniem autobusów i posiadaniem instalacji fotowoltaicznej, nie posiada prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT od wydatków związanych z przedsięwzięciem, a ewentualne wprowadzenie nadwyżek energii do sieci nie zmienia tej ogólnej zasady, nawet w przypadku sporadycznej sprzedaży. Zmiany w tej sytuacji skutkowałyby
Zwolnienie z opodatkowania na podstawie art. 9 pkt 11 lit. d) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.
Uznanie nieodpłatnego udostępnienia autobusów na podstawie umowy cywilnoprawnej związkowi za czynność niepodlegającą opodatkowania oraz braku uznania wnioskodawcy za podatnika z tytułu wykonywania tych czynności.
Brak opodatkowania nieodpłatnego udostępnienia Spółce nabytych w ramach realizacji Projektu autobusów i urządzeń, brak prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu.
Brak prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającego z faktur wystawionych na okoliczność poniesienia kosztów związanych z realizacją zadań w ramach projektu.