Wydatki z tytułu usług świadczonych przez podmiot powiązany mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów bez zastosowania ograniczeń, o których mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, jeżeli usługi te nie są wymienione w ustawie oraz są bezpośrednio związane z przychodami podatnika.

Wydatki związane z nabyciem nieruchomości wykorzystywanych bezpośrednio w działalności produkcyjnej kwalifikują się jako koszty kwalifikowane nowej inwestycji w rozumieniu przepisów ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, podczas gdy wydatki na cele socjalne i administracyjne takiego statusu nie uzyskują.

Dochody wyodrębnione na podstawie zezwoleń w specjalnych strefach ekonomicznych oraz decyzji o wsparciu muszą być ewidencjonowane i rozliczane oddzielnie, zgodnie z odpowiednimi przepisami, co uniemożliwia ich łączenie w jednej ewidencji podatkowej.

Straty podatkowe z działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych mogą być rozliczane z dochodami z działalności prowadzonej na podstawie instrumentów wsparcia, niekorzystającymi ze zwolnień podatkowych z uwagi na niewystarczające limity pomocy, opodatkowanymi na zasadach ogólnych.

Ograniczenia wynikające z art. 15c i 15e ustawy o PDOP, dotyczące zaliczania kosztów finansowania i innych wydatków do kosztów uzyskania przychodów, nie mają zastosowania do kosztów działalności zwolnionej z opodatkowania na podstawie art. 17 ustawy o PDOP.

Dostawa paliwa do statków wykorzystywanych w strefie przyległej do morza terytorialnego Rzeczypospolitej Polskiej, podlega opodatkowaniu stawką 0% VAT, jako zaopatrzenie statków używanych do żeglugi na pełnym morzu, zgodnie z art. 83 ust. 1 pkt 10 lit. a) ustawy o VAT.

Spółka może skorzystać z wyłączenia obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych na podstawie art. 11n pkt 1 Ustawy o CIT dla transakcji dokonanych do 1 stycznia 2026 r., pod warunkiem nieuzyskania dochodów kwalifikowanych. Po tej dacie, posiadanie decyzji o wsparciu skutkuje obligatoryjnością zwolnienia, co wyłącza możliwość skorzystania z powyższego wyłączenia.

Koszty materiału złomowanego, związane z przychodami z odpadu produkcyjnego, powinny być przypisane do działalności pozastrefowej, co implikuje konieczność korekty zeznań CIT-8. Zwolnieniem podatkowym objęte są tylko dochody z działalności określonej w zezwoleniu SSE.

Zmiana statusu przedsiębiorcy z średniego na dużego w trakcie realizacji inwestycji w ramach specjalnej strefy ekonomicznej nie wpływa na wysokość przyznanej intensywności pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia.

W przypadku wykorzystania limitu pomocy publicznej przyznanej w decyzji o wsparciu, podatnik, nie osiągający dochodów zwolnionych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a CIT, może wybrać opodatkowanie w formie Estońskiego CIT, zgodnie z art. 28k ust. 1 pkt 3 CIT.

Podatnik posiada prawo do rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia podatkowego od miesiąca poniesienia kosztów kwalifikowanych inwestycji po uzyskaniu decyzji o wsparciu, niezależnie od oddania środków trwałych do używania; jednakże nie może dowolnie decydować o momencie rozpoczęcia korzystania z tego zwolnienia w ramach jego okresu obowiązywania.

Dochód uzyskiwany z tytułu świadczenia kompleksowego w ramach SSE podlega zwolnieniu z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, natomiast dochód z tytułu sprzedaży złomu nie korzysta z takiego zwolnienia.

Koszty wdrożenia oraz koszty licencji na oprogramowanie, poniesione do momentu przyjęcia oprogramowania do używania, zwiększają wartość początkową wartości niematerialnej i prawnej, podlegającej amortyzacji, oraz mogą być uznane za koszty kwalifikowane Nowej Inwestycji zgodnie z odpowiednimi przepisami ustawy CIT oraz Rozporządzenia.

Koszty wdrożenia i nabycia licencji na oprogramowanie mogą być uznane za wartość początkową amortyzowanej wartości niematerialnej i prawnej oraz jako koszty kwalifikowane Nowej Inwestycji, pod warunkiem spełnienia określonych wymogów ustawowych i regulacyjnych związanych z pomocą publiczną.

Przychody z tytułu korekty rentowności, jeśli pozostają w bezpośrednim i ścisłym związku z działalnością prowadzoną w SSE na podstawie zezwolenia, mogą być uznane za dochód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT.

Wydatki na budowę hali, instalacje oraz zagospodarowanie terenu, spełniające kryteria funkcjonalne i formalne określone w przepisach, mogą stanowić koszty kwalifikowane do objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego w ramach wsparcia dla nowych inwestycji zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

W kalkulacji wielkości pomocy publicznej uzyskanej przez spółki w formie zwolnień podatkowych dla działalności strefowej, strata z tej działalności nie może pomniejszać podstawy obliczenia kwoty niezapłaconego podatku, stanowiącego pomoc publiczną. Brak jest przepisów umożliwiających takie pomniejszenie.

Urealnienie Rentowności związane z niewykorzystanymi mocami produkcyjnymi na terenie SSE, do wygaśnięcia Zezwolenia, stanowi element dochodu zwolnionego z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, przy odpowiednim przypisaniu dochodów do działalności zwolnionej i opodatkowanej.

Dziesięcioletni termin przedawnienia, wynikający z ustawy o SSE, nie rozszerza pięcioletniego okresu przedawnienia zobowiązań podatkowych przewidzianego w Ordynacji podatkowej dla zobowiązań wynikających z działalności w Specjalnej Strefie Ekonomicznej.

Spółka miała uprawnienie na mocy art. 16i ust. 5 ustawy o CIT do obniżenia, a następnie modyfikacji, stawek amortyzacyjnych do dowolnej wysokości powyżej 0% dla środków trwałych wprowadzonych do ewidencji przed 1 stycznia 2021 r., niezależnie od działań ulepszających, przy braku wymogu powiązania z okresem użyteczności ekonomicznej.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu na skutek złożenia wniosku przez przedsiębiorcę powoduje utratę prawa do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT od dnia doręczenia tego wniosku właściwemu organowi, jako że decyzja ma charakter deklaratoryjny i bezprzedmiotowość następuje z dniem złożenia wniosku.

Dochody uzyskane z działalności produkcyjnej prowadzonej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, której częściowy proces odbywa się poza nią, lecz służący celom marginalnym, podlegają zwolnieniu podatkowemu według art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. W ramach rozliczania kosztów wspólnych należy stosować zasadę proporcjonalnego ich podziału względem uzyskanych przychodów strefowych i pozastrefowych.

Dochód uzyskany z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach specjalnej strefy ekonomicznej jest zwolniony z opodatkowania, gdy spełnia warunki określone w decyzji o wsparciu. Koszty transportu, amortyzacyjne oraz wynikające z różnic kursowych i kredytów powinny być przypisane do działalności strefowej, o ile są bezpośrednio związane z nową inwestycją, a ich proporcjonalne rozliczanie opiera się

Korekty cen transferowych dokonywane wewnątrzgrupowo, zgodnie z art. 11e CIT, mogą wpływać na przychody i koszty działalności w SSE, gdyż są integralnie związane z wcześniej ustalonymi warunkami transakcji kontrolowanych.