Wydatki związane z nabyciem nieruchomości wykorzystywanych bezpośrednio w działalności produkcyjnej kwalifikują się jako koszty kwalifikowane nowej inwestycji w rozumieniu przepisów ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, podczas gdy wydatki na cele socjalne i administracyjne takiego statusu nie uzyskują.

Dochody wyodrębnione na podstawie zezwoleń w specjalnych strefach ekonomicznych oraz decyzji o wsparciu muszą być ewidencjonowane i rozliczane oddzielnie, zgodnie z odpowiednimi przepisami, co uniemożliwia ich łączenie w jednej ewidencji podatkowej.

Straty podatkowe z działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych mogą być rozliczane z dochodami z działalności prowadzonej na podstawie instrumentów wsparcia, niekorzystającymi ze zwolnień podatkowych z uwagi na niewystarczające limity pomocy, opodatkowanymi na zasadach ogólnych.

Ograniczenia wynikające z art. 15c i 15e ustawy o PDOP, dotyczące zaliczania kosztów finansowania i innych wydatków do kosztów uzyskania przychodów, nie mają zastosowania do kosztów działalności zwolnionej z opodatkowania na podstawie art. 17 ustawy o PDOP.

Spółka może skorzystać z wyłączenia obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych na podstawie art. 11n pkt 1 Ustawy o CIT dla transakcji dokonanych do 1 stycznia 2026 r., pod warunkiem nieuzyskania dochodów kwalifikowanych. Po tej dacie, posiadanie decyzji o wsparciu skutkuje obligatoryjnością zwolnienia, co wyłącza możliwość skorzystania z powyższego wyłączenia.

Koszty materiału złomowanego, związane z przychodami z odpadu produkcyjnego, powinny być przypisane do działalności pozastrefowej, co implikuje konieczność korekty zeznań CIT-8. Zwolnieniem podatkowym objęte są tylko dochody z działalności określonej w zezwoleniu SSE.

Zmiana statusu przedsiębiorcy z średniego na dużego w trakcie realizacji inwestycji w ramach specjalnej strefy ekonomicznej nie wpływa na wysokość przyznanej intensywności pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia.

W przypadku wykorzystania limitu pomocy publicznej przyznanej w decyzji o wsparciu, podatnik, nie osiągający dochodów zwolnionych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a CIT, może wybrać opodatkowanie w formie Estońskiego CIT, zgodnie z art. 28k ust. 1 pkt 3 CIT.

Podatnik posiada prawo do rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia podatkowego od miesiąca poniesienia kosztów kwalifikowanych inwestycji po uzyskaniu decyzji o wsparciu, niezależnie od oddania środków trwałych do używania; jednakże nie może dowolnie decydować o momencie rozpoczęcia korzystania z tego zwolnienia w ramach jego okresu obowiązywania.

Dochód uzyskiwany z tytułu świadczenia kompleksowego w ramach SSE podlega zwolnieniu z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, natomiast dochód z tytułu sprzedaży złomu nie korzysta z takiego zwolnienia.

Koszty wdrożenia i nabycia licencji na oprogramowanie mogą być uznane za wartość początkową amortyzowanej wartości niematerialnej i prawnej oraz jako koszty kwalifikowane Nowej Inwestycji, pod warunkiem spełnienia określonych wymogów ustawowych i regulacyjnych związanych z pomocą publiczną.

Wydatki na budowę hali, instalacje oraz zagospodarowanie terenu, spełniające kryteria funkcjonalne i formalne określone w przepisach, mogą stanowić koszty kwalifikowane do objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego w ramach wsparcia dla nowych inwestycji zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Przychody z tytułu korekty rentowności, jeśli pozostają w bezpośrednim i ścisłym związku z działalnością prowadzoną w SSE na podstawie zezwolenia, mogą być uznane za dochód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT.

W kalkulacji wielkości pomocy publicznej uzyskanej przez spółki w formie zwolnień podatkowych dla działalności strefowej, strata z tej działalności nie może pomniejszać podstawy obliczenia kwoty niezapłaconego podatku, stanowiącego pomoc publiczną. Brak jest przepisów umożliwiających takie pomniejszenie.

Urealnienie Rentowności związane z niewykorzystanymi mocami produkcyjnymi na terenie SSE, do wygaśnięcia Zezwolenia, stanowi element dochodu zwolnionego z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, przy odpowiednim przypisaniu dochodów do działalności zwolnionej i opodatkowanej.

Dziesięcioletni termin przedawnienia, wynikający z ustawy o SSE, nie rozszerza pięcioletniego okresu przedawnienia zobowiązań podatkowych przewidzianego w Ordynacji podatkowej dla zobowiązań wynikających z działalności w Specjalnej Strefie Ekonomicznej.

Spółka miała uprawnienie na mocy art. 16i ust. 5 ustawy o CIT do obniżenia, a następnie modyfikacji, stawek amortyzacyjnych do dowolnej wysokości powyżej 0% dla środków trwałych wprowadzonych do ewidencji przed 1 stycznia 2021 r., niezależnie od działań ulepszających, przy braku wymogu powiązania z okresem użyteczności ekonomicznej.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu na skutek złożenia wniosku przez przedsiębiorcę powoduje utratę prawa do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT od dnia doręczenia tego wniosku właściwemu organowi, jako że decyzja ma charakter deklaratoryjny i bezprzedmiotowość następuje z dniem złożenia wniosku.

Korekty cen transferowych dokonywane wewnątrzgrupowo, zgodnie z art. 11e CIT, mogą wpływać na przychody i koszty działalności w SSE, gdyż są integralnie związane z wcześniej ustalonymi warunkami transakcji kontrolowanych.

Korekty cen transferowych dotyczące transakcji wewnątrzgrupowych spełniają warunki art. 11e ustawy o CIT, kiedy po zakończeniu okresu wykryto odchylenia od poziomu rynkowego. Zmiany są rozpoznawane w roku pierwotnego ujęcia transakcji i mogą wpływać na dochody zwolnione z CIT w ramach SSE oraz na podstawie decyzji o wsparciu inwestycji.

Spółce przysługuje prawo do obniżenia stawek amortyzacyjnych dla środków trwałych wprowadzonych do Ewidencji przed 1 stycznia 2021 r., wykorzystywanych w działalności zwolnionej z CIT, niezależnie od ulepszeń dokonanych po tej dacie, pod warunkiem, że obniżenie nastąpi do dowolnej wysokości wyższej niż 0%.

Podatnik prowadzący działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, objętą zezwoleniem i decyzją o wsparciu, zobowiązany jest do prowadzenia odrębnych ewidencji rachunkowych dla dochodów z każdego z dokumentów, a zwolnienia podatkowe muszą być rozliczane dla każdego źródła oddzielnie.

Zwrotne koszty kwalifikowane na nowe inwestycje, które uzależniają prawo do zwolnienia podatkowego, muszą zostać faktycznie poniesione i ujawnione jako środki trwałe w ewidencji. Zwolnienie może być realizowane od momentu generowania dochodów z działalności powstałej na podstawie tych inwestycji, a nie wyłącznie na etapie ponoszenia kosztów.

Środki otrzymane przez podatnika z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych na dofinansowanie wynagrodzeń pracowników nie stanowią dochodu zwolnionego od opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, gdyż nie są dochodem bezpośrednio wygenerowanym z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach zezwolenia.