Ryczałtowemu opodatkowaniu przy zbyciu zorganizowanej części przedsiębiorstwa podlegają składniki ruchome majątku według stawki 3%, natomiast wartość firmy winna być opodatkowana stawkami właściwymi dla prowadzonej działalności gospodarczej podatnika.

Z tytułu wypłaty zatrzymanych zysków przez spółkę przekształconą w spółkę z o.o., spółka może zastosować zwolnienie z art. 22 ust. 4e ustawy o CIT przy braku negatywnych przesłanek z ust. 4f, zapewniając komandytariuszowi 50% zwolnienia, nie więcej jednak niż 60 000 zł rocznie.

Umorzenie kapitału pożyczki oraz naliczonych odsetek przez spółkę wspólnikowi stanowi przychód z innych źródeł, co skutkuje obowiązkiem informacyjnym dla spółki, bez roli płatnika podatku dochodowego (art. 20 ust. 1 oraz art. 42a ustawy o PIT).

Podmiot nie może skorzystać ze zwolnienia dokumentacyjnego z art. 11n pkt 5 CIT, gdy powiązania kapitałowe ze Skarbem Państwa lub jednostkami samorządu terytorialnego są uzupełnione powiązaniami osobowymi. Zwolnienie to dotyczy wyłącznie sytuacji, gdy jedynym powiązaniem jest powiązanie kapitałowe.

Nieodpłatne przeniesienie nieruchomości z majątku spółki do majątku wspólnika po upływie 10 lat od jej nabycia, przy spełnieniu przesłanek art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, jest zwolnione z VAT i nie wymaga korekty podatku naliczonego.

Sprzedaż prawa użytkowania wieczystego gruntu z posadowionymi budynkami i budowlami Centrum Logistycznego, zgodna z przepisem art. 6 pkt 1 ustawy, nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej jego części, i jako taka podlega opodatkowaniu podatkiem VAT z jednoczesnym prawem nabywcy do odliczenia podatku naliczonego.

Sprzedaż nieruchomości przez komornika w trybie licytacji jest dostawą towarów podlegającą VAT, uwzględniając obroty przekraczające limit 240 000 zł, mimo statusu VAT zwolnienia dłużnika. Transakcja jest opodatkowana z powodu jej braku pomocniczego charakteru oraz zastosowania zwolnienia przedmiotowego z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT.

Aport udziału w nieruchomości do spółki z o.o. stanowi odpłatną dostawę towarów i podlega opodatkowaniu VAT, chyba że spełnione są warunki zwolnienia podatkowego przewidziane w ustawie o VAT.

Zgodnie z art. 4a pkt 4 ustawy o CIT, wyodrębnienie BU A. Produkcja i BU B. Produkcja jako zorganizowanych części przedsiębiorstwa spełnia wymogi finansowego, organizacyjnego i funkcjonalnego wyodrębnienia, co wyklucza powstanie podatkowego przychodu przy podziale przez wydzielenie.

Podział przez wyodrębnienie, któremu towarzyszy spełnienie warunków wyodrębnienia zorganizowanej części przedsiębiorstwa oraz kontynuacja wartości księgowych, nie skutkuje powstaniem przychodu podatkowego po stronie spółki przejmującej na postawie art. 12 ust. 1 pkt 7 i 8c ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Przychody pracowników z tytułu uczestnictwa w Programie Nagrody Okolicznościowej nie stanowią przychodów ze stosunku pracy ze Spółką, co zwalnia Spółkę z obowiązków płatnika na podstawie art. 32 ust. 1 i art. 39 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Spółka nie jest zobowiązana do obliczania, poboru, ani też do przekazywania informacji o tych przychodach.

Majątek stanowiący zorganizowaną część przedsiębiorstwa, zarówno jako wydzielany, jak i pozostający w spółce dzielonej na moment podziału, w wyniku jego wyodrębnienia, nie generuje przychodu podatkowego w rozumieniu art. 24 ust. 5 pkt 7a ustawy o PIT.

Podmiot wewnętrzny województwa realizujący wyłącznie zadania publiczne - takie jak zarządzanie zwrotnymi funduszami z regionalnych programów operacyjnych - oraz otrzymujący za to rekompensatę, w tym rozsądny zysk, nie jest uznawany za podatnika VAT, gdyż działalność ta nie ma charakteru komercyjnego i nie podlega zasadom rynku.

W przypadku wniesienia ogółu praw i obowiązków w spółce komandytowej do innej spółki komandytowej, przychód wspólnika należy pomniejszyć jedynie o wydatki historyczne poniesione przez wspólnika na nabycie tych praw oraz o nadwyżkę uzyskaną przed nabyciem statusu podatnika, zgodnie z art. 13 ust. 2 ustawy nowelizującej.

Przychód z wniesienia ogółu praw i obowiązków do spółki komandytowej pomniejsza się, zgodnie z art. 13 ust. 2 ustawy nowelizującej, o wydatki faktycznie poniesione na ich nabycie przez wspólnika, uwzględniając wartość początkową składników przed dniem opodatkowania spółek komandytowych CIT.

Spółka komandytowa, wypłacając komplementariuszowi zaliczki na poczet zysku, nie jest zobowiązana do poboru zryczałtowanego podatku dochodowego, gdyż obowiązek ten powstaje dopiero po dokładnym określeniu podatku dochodowego od osób prawnych zapłaconego przez spółkę, co jest możliwe po zakończeniu roku podatkowego.

Wypłata zysków wypracowanych przez spółkę cywilną do momentu jej przekształcenia w spółkę z o.o. i opodatkowanych uprzednio po stronie wspólników, dokonana po przekształceniu, nie stanowi przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych.

Wypłata zysków wypracowanych przez spółkę cywilną dokonana po jej przekształceniu w spółkę z o.o., które zostały opodatkowane przed przekształceniem, nie powoduje powstania przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, a spółka z o.o. nie jest płatnikiem tego podatku.

Koszty kwalifikowane dla ulgi badawczo-rozwojowej w podatkowej grupie kapitałowej mogą być odliczane jedynie w wysokości dochodów poszczególnych spółek członkowskich; transakcje wewnętrzne między spółkami PGK nie mogą być uznane za kwalifikowane.

Podział spółki przez wydzielenie, na podstawie art. 529 § 1 pkt 4 KSH, nie powoduje obowiązku podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, zgodnie z obecnym brzmieniem art. 1 ust. 3 ustawy o PCC. Zmiany umowy spółki obejmujące takie podziały nie są uznawane za przedmiot opodatkowania podatkiem PCC.

Zaliczkowe opodatkowanie wspólników spółki partnerskiej musi być zgodne z ich rzeczywistym udziałem w zyskach spółki, jak określono w umowie spółki; nie jest dopuszczalne przyjmowanie równego podziału zysków, jeżeli umowa stanowi inaczej. Zaliczki mogą być prawidłowe jedynie przy starannym uwzględnieniu wszystkich dostępnych danych na dzień ich obliczania.

Podział przez wydzielenie zorganizowanej części przedsiębiorstwa (Działu Nieruchomościowego) do nowej spółki nie skutkuje utratą opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, o ile zarówno spółka dzielona, jak i przejmująca, pozostają opodatkowane ryczałtem zgodnie z art. 28l ust. 1 pkt 4 lit. c i d ustawy o CIT.

W wyniku podziału spółki przez wydzielenie nie powstanie dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku po stronie spółki dzielonej ani przejmującej, jeśli księgowe rozliczenie nastąpi metodą łączenia udziałów, eliminując tym samym przeszacowanie wartości składników do ich wartości rynkowej i wynikające z tego zobowiązania podatkowe.

Organ podatkowy stwierdza, iż dla celów podatkowych, jednostki organizacyjne wydzielane w wyniku podziału przez wydzielenie stanowią zorganizowaną część przedsiębiorstwa, co skutkuje brakiem powstania przychodu podatkowego, pod warunkiem, że głównym lub jednym z głównych celów podziału nie jest uniknięcie opodatkowania.