Wypłata z tytułu rozliczenia zaległych zysków w wyniku ugody mediacyjnej stanowi przychód z kapitałów pieniężnych, podlegający opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym, niezależnie od uprzednich rozliczeń podatkowych, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Połączenie odwrotne, w którym spółka przejmująca nie podwyższa kapitału zakładowego, nie powoduje powstania przychodu podatkowego ani dla spółki przejmującej, ani dla wspólników, o ile spełnione są ustawowe warunki przyjęcia i przypisania wartości składników majątku oraz nie dąży się do uniknięcia opodatkowania (art. 12 ust. 1 pkt 8c i 8d oraz art. 12 ust. 4 pkt 12 ustawy o CIT).

Wynagrodzenie wspólników spółki komandytowej za prowadzenie jej spraw, wypłacane na podstawie umowy spółki i uchwały wspólników, kwalifikuje się jako przychody z innych źródeł, co zwalnia spółkę z obowiązków płatnika, lecz wymaga wystawienia PIT-11.

Przekształcenie spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością powoduje kontynuację roku podatkowego spółki przekształcanej; zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się efektywna po zakończeniu kontynuowanego roku podatkowego.

Przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie wymaga zamknięcia ksiąg rachunkowych podatkowo, a rok podatkowy przekształcanej spółki jest kontynuowany, zgodnie z postanowieniami ustawy CIT oraz zasadą sukcesji z Ordynacji Podatkowej.

W przypadku przekształcenia spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie ma obowiązku zamknięcia ksiąg rachunkowych, a rok podatkowy spółki przekształcanej jest kontynuowany przez spółkę przekształconą. Zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się możliwa po zakończeniu obecnego roku podatkowego.

Wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej do majątku wspólników na podstawie umowy nienazwanej nie skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego w podatku od spadków i darowizn, jako że czynność ta nie wypełnia warunków umowy darowizny ani nieodpłatnego zniesienia współwłasności.

Sprzedaż niezabudowanych działek numer A/31 i B/41, jako terenów budowlanych, podlega opodatkowaniu podatkiem VAT i wyklucza zastosowanie zwolnienia wskazanego w art. 43 ust. 1 pkt 9 w związku z art. 2 pkt 33 ustawy o VAT.

Nieodpłatne wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej na rzecz wspólników, proporcjonalnie do udziałów w zysku, nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, jako że czynność ta nie została wymieniona w zamkniętym katalogu czynności podlegających temu podatkowi.

Nieodpłatne przekazanie nieruchomości ze spółki komandytowej do majątku prywatnego wspólników, na mocy uchwały, jako czynność nienazwana, nie wywołuje skutku podatkowego w zakresie podatku od spadków i darowizn, gdy nie przyjmuje formy umowy darowizny ani nieodpłatnego zniesienia współwłasności.

Nieodpłatne przeniesienie własności nieruchomości z majątku spółki komandytowej na wspólników, proporcjonalnie do ich udziałów w zysku, nie stanowi czynności cywilnoprawnej podlegającej opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, z uwagi na brak uwzględnienia tej czynności w zamkniętym katalogu czynności wymienionych w ustawie.

Spółka komandytowa, wypłacając komplementariuszom zaliczki na poczet zysków podczas roku podatkowego, nie jest zobowiązana do poboru zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych (art. 41 ust. 4e ustawy o PIT) przed obliczeniem ostatecznego podatku należnego za rok podatkowy, z którego zysk został uzyskany.

Wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej i jej nieodpłatne przekazanie wspólnikom skutkuje powstaniem przychodu podatkowego z kapitałów pieniężnych, podlegającego opodatkowaniu na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych, z uwagi na zachowanie odrębności majątkowej spółki i wspólników.

Nieodpłatne przekazanie nieruchomości ze spółki komandytowej do majątku wspólników, stanowi przychód z kapitałów pieniężnych, podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, na zasadach przewidzianych dla przychodów z udziału w zyskach osób prawnych.

Spółka komandytowa, dokonując w trakcie roku podatkowego wypłat zaliczek na poczet udziału w zysku komplementariuszom, nie jest zobowiązana do pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, ze względu na brak konkretnego zobowiązania podatkowego przed zakończeniem roku podatkowego.

Płatności dokonywane na rzecz niemieckiej spółki komandytowej z przypisaniem ich luksemburskiemu wspólnikowi korzystają z ochrony Konwencji PL-LUX, zatem nie wymagają poboru podatku u źródła w Polsce, o ile spełnione są wszelkie wymagania dokumentacyjne dotyczące rezydencji podatkowej.

Wypłacając zaliczki na poczet zysku komplementariuszom w trakcie roku podatkowego, spółka nie ma obowiązku pobierania od nich zryczałtowanego podatku dochodowego, co następuje dopiero po obliczeniu rocznego podatku CIT spółki.

Limit przychodów w wysokości 2 000 000 euro, określony w art. 6 ust. 4 pkt 1 lit. b) ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów, odnosi się wyłącznie do przychodów wspólników uzyskanych po przekształceniu spółki komandytowej w spółkę jawną.

Obowiązek podatkowy komplementariusza spółki komandytowej z tytułu przychodów z udziału w zyskach nie powstaje w momencie wypłaty zaliczek, lecz w momencie uchwały o podziale zysku. Płatnik podatku jest zobowiązany do poboru z uwzględnieniem zasad rozliczenia podatku CIT spółki, zgodnie z art. 30a ust. 6a-6e u.p.d.o.f.

Dochód komplementariusza ze zmniejszenia wkładu kapitałowego w spółce komandytowej oblicza się jako przychód pomniejszony o koszty historyczne związane z uzyskanie praw spółki cywilnej. Podatek oblicza się tylko od dochodu, w przypadku jego powstania, a spółka komandytowa pełni funkcję płatnika podatku.

Wypłaty zysków przed uzyskaniem statusu podatnika CIT są neutralne podatkowo, natomiast wypłaty po tej dacie generują podlegający opodatkowaniu przychód; obniżenie wkładów powoduje powstanie przychodu z kapitałów pieniężnych, zmniejszanego o historyczne wydatki na nabycie udziałów.

Komplementariusz spółki komandytowej może pomniejszyć należny zryczałtowany podatek dochodowy od zysków o proporcjonalnie przypadającą część podatku CIT zapłaconego przez spółkę, a pobranie zaliczek tego podatku powinno nastąpić dopiero po zamknięciu roku podatkowego i ustaleniu ostatecznego wyniku podatkowego spółki.

Wypłata komandytariuszom zysków spółki komandytowej, wypracowanych i opodatkowanych przed dniem uzyskania przez spółkę statusu podatnika CIT, nie powoduje obowiązku poboru podatku PIT przez spółkę jako płatnika.

Zryczałtowany podatek dochodowy od zaliczek na poczet zysku komplementariusza w spółce komandytowej nie powinien być pobierany przez płatnika w trakcie roku podatkowego. Pobranie i rozliczenie tego podatku następuje dopiero po złożeniu rocznego zeznania CIT-8, co zapewnia zgodność z ustawą i zapobiega podwójnemu opodatkowaniu.