Wypłacając komplementariuszom w trakcie roku podatkowego zaliczki na poczet zysku, spółka komandytowa nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego zgodnie z art. 30a ust. 1 pkt 4 Ustawy PIT. Obowiązek poboru zryczałtowanego podatku powstaje dopiero po obliczeniu podatku należnego spółki komandytowej za rok podatkowy.

Wynagrodzenie wypłacane wspólnikom spółki komandytowej za prowadzenie jej spraw, na podstawie umowy i uchwały wspólników, należy kwalifikować jako przychód z innych źródeł, o którym mowa w art. 10 ust. 1 pkt 9 ustawy PIT, bez powstania obowiązków płatnika po stronie spółki.

Na spadkobierców komandytariusza przechodzi prawo do wyboru stawki podatku dochodowego 19% w związku z uczestnictwem w spółce komandytowej, o ile zmarły dokonał wcześniej takiego wyboru zgodnie z przepisami prawa podatkowego.

Wypłata z tytułu rozliczenia zaległych zysków w wyniku ugody mediacyjnej stanowi przychód z kapitałów pieniężnych, podlegający opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym, niezależnie od uprzednich rozliczeń podatkowych, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Połączenie odwrotne, w którym spółka przejmująca nie podwyższa kapitału zakładowego, nie powoduje powstania przychodu podatkowego ani dla spółki przejmującej, ani dla wspólników, o ile spełnione są ustawowe warunki przyjęcia i przypisania wartości składników majątku oraz nie dąży się do uniknięcia opodatkowania (art. 12 ust. 1 pkt 8c i 8d oraz art. 12 ust. 4 pkt 12 ustawy o CIT).

Wynagrodzenie wspólników spółki komandytowej za prowadzenie jej spraw, wypłacane na podstawie umowy spółki i uchwały wspólników, kwalifikuje się jako przychody z innych źródeł, co zwalnia spółkę z obowiązków płatnika, lecz wymaga wystawienia PIT-11.

Przekształcenie spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością powoduje kontynuację roku podatkowego spółki przekształcanej; zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się efektywna po zakończeniu kontynuowanego roku podatkowego.

Przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie wymaga zamknięcia ksiąg rachunkowych podatkowo, a rok podatkowy przekształcanej spółki jest kontynuowany, zgodnie z postanowieniami ustawy CIT oraz zasadą sukcesji z Ordynacji Podatkowej.

W przypadku przekształcenia spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie ma obowiązku zamknięcia ksiąg rachunkowych, a rok podatkowy spółki przekształcanej jest kontynuowany przez spółkę przekształconą. Zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się możliwa po zakończeniu obecnego roku podatkowego.

Wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej do majątku wspólników na podstawie umowy nienazwanej nie skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego w podatku od spadków i darowizn, jako że czynność ta nie wypełnia warunków umowy darowizny ani nieodpłatnego zniesienia współwłasności.

Sprzedaż niezabudowanych działek numer A/31 i B/41, jako terenów budowlanych, podlega opodatkowaniu podatkiem VAT i wyklucza zastosowanie zwolnienia wskazanego w art. 43 ust. 1 pkt 9 w związku z art. 2 pkt 33 ustawy o VAT.

Nieodpłatne wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej na rzecz wspólników, proporcjonalnie do udziałów w zysku, nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, jako że czynność ta nie została wymieniona w zamkniętym katalogu czynności podlegających temu podatkowi.

Nieodpłatne przeniesienie własności nieruchomości z majątku spółki komandytowej na wspólników, proporcjonalnie do ich udziałów w zysku, nie stanowi czynności cywilnoprawnej podlegającej opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, z uwagi na brak uwzględnienia tej czynności w zamkniętym katalogu czynności wymienionych w ustawie.

Nieodpłatne przekazanie nieruchomości ze spółki komandytowej do majątku prywatnego wspólników, na mocy uchwały, jako czynność nienazwana, nie wywołuje skutku podatkowego w zakresie podatku od spadków i darowizn, gdy nie przyjmuje formy umowy darowizny ani nieodpłatnego zniesienia współwłasności.

Spółka komandytowa, wypłacając komplementariuszom zaliczki na poczet zysków podczas roku podatkowego, nie jest zobowiązana do poboru zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych (art. 41 ust. 4e ustawy o PIT) przed obliczeniem ostatecznego podatku należnego za rok podatkowy, z którego zysk został uzyskany.

Wycofanie nieruchomości z majątku spółki komandytowej i jej nieodpłatne przekazanie wspólnikom skutkuje powstaniem przychodu podatkowego z kapitałów pieniężnych, podlegającego opodatkowaniu na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych, z uwagi na zachowanie odrębności majątkowej spółki i wspólników.

Nieodpłatne przekazanie nieruchomości ze spółki komandytowej do majątku wspólników, stanowi przychód z kapitałów pieniężnych, podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, na zasadach przewidzianych dla przychodów z udziału w zyskach osób prawnych.

Spółka komandytowa, dokonując w trakcie roku podatkowego wypłat zaliczek na poczet udziału w zysku komplementariuszom, nie jest zobowiązana do pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, ze względu na brak konkretnego zobowiązania podatkowego przed zakończeniem roku podatkowego.

Płatności dokonywane na rzecz niemieckiej spółki komandytowej z przypisaniem ich luksemburskiemu wspólnikowi korzystają z ochrony Konwencji PL-LUX, zatem nie wymagają poboru podatku u źródła w Polsce, o ile spełnione są wszelkie wymagania dokumentacyjne dotyczące rezydencji podatkowej.

Wypłacając zaliczki na poczet zysku komplementariuszom w trakcie roku podatkowego, spółka nie ma obowiązku pobierania od nich zryczałtowanego podatku dochodowego, co następuje dopiero po obliczeniu rocznego podatku CIT spółki.

Limit przychodów w wysokości 2 000 000 euro, określony w art. 6 ust. 4 pkt 1 lit. b) ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów, odnosi się wyłącznie do przychodów wspólników uzyskanych po przekształceniu spółki komandytowej w spółkę jawną.

Obowiązek podatkowy komplementariusza spółki komandytowej z tytułu przychodów z udziału w zyskach nie powstaje w momencie wypłaty zaliczek, lecz w momencie uchwały o podziale zysku. Płatnik podatku jest zobowiązany do poboru z uwzględnieniem zasad rozliczenia podatku CIT spółki, zgodnie z art. 30a ust. 6a-6e u.p.d.o.f.

Dochód komplementariusza ze zmniejszenia wkładu kapitałowego w spółce komandytowej oblicza się jako przychód pomniejszony o koszty historyczne związane z uzyskanie praw spółki cywilnej. Podatek oblicza się tylko od dochodu, w przypadku jego powstania, a spółka komandytowa pełni funkcję płatnika podatku.

Wypłaty zysków przed uzyskaniem statusu podatnika CIT są neutralne podatkowo, natomiast wypłaty po tej dacie generują podlegający opodatkowaniu przychód; obniżenie wkładów powoduje powstanie przychodu z kapitałów pieniężnych, zmniejszanego o historyczne wydatki na nabycie udziałów.