W przypadku gdy podatnik nie zamknie ksiąg rachunkowych oraz nie sporządzi sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający przejście na opodatkowanie ryczałtem, wybór tej formy opodatkowania jest nieskuteczny, zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Spółka, która zakończyła opodatkowanie Estońskim CIT i wykorzystała całkowicie zysk netto z tego okresu na pokrycie strat z tego samego okresu, nie jest zobowiązana do zapłaty ryczałtu od rozdysponowanego dochodu z tytułu zysku netto.

Spółka z o.o. rozpoczyna działalność w dniu zawarcia umowy (powstania spółki w organizacji), a nie dopiero z dniem wpisu do KRS. Dla uzyskania statusu podatnika rozpoczynającego działalność niezbędne jest spełnienie warunków formalnych w tym potwierdzenia zamknięcia ksiąg na koniec poprzedniego okresu podatkowego przed obłożeniem opodatkowaniem ryczałtowym.

Sprzedaż lokalu niemieszkalnego przez spółkę, rozliczającą się ryczałtem od dochodów, na rzecz wspólnika pełniącego funkcję prezesa zarządu, przy wycenie ceny rynkowej przez niezależnego rzeczoznawcę, nie stanowi ukrytego zysku zgodnie z art. 28m ust. 3 ustawy o CIT.

Na dzień przekształcenia z umów leasingu operacyjnego przekształconej spółki jawnej nie powstaje dochód z przekształcenia, gdyż nie sposób ustalić wartości podatkowej składników majątku, które są przedmiotem leasingu operacyjnego, z uwagi na brak ich amortyzacji podatkowej oraz niemożność ich zbycia.

Zawarcie umowy spółki powoduje powstanie podmiotowości prawnej, co obliguje do zgłoszenia wyboru ryczałtu od dochodów spółek w ustawowym terminie, niezależnie od braków formalnych związanych z numerem NIP, który można później uzupełnić.

Podział Spółki Dzielonej przez wydzielenie do podmiotu również opodatkowanego ryczałtem od dochodów spółek, nie skutkuje utratą prawa do ryczałtu ani obowiązkiem zapłaty podatku od zmiany wartości składników majątku.

Prowizje i odsetki wypłacane wspólnikom Spółki w okresie jej opodatkowania Estońskim CIT stanowią dochód z tytułu ukrytych zysków, podlegający opodatkowaniu ryczałtem, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, niezależnie od warunków rynkowych umów pożyczkowych.

Podatnik opodatkowany ryczałtem od dochodów spółek zgodnie z art. 28l ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT może zrezygnować z tego opodatkowania z końcem roku podatkowego nawet przed upływem wybranego czteroletniego okresu, o ile rezygnację dokona poprzez odpowiednią deklarację CIT-8E.

Wydatki na kary umowne związane z bieżącą działalnością gospodarczą, mimo sankcyjnego charakteru, mogą nie być uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, o ile wykazują związek z prowadzoną działalnością. Kary pieniężne nakładane w trybie administracyjnym, wskazujące na zaniedbania, mogą być traktowane jako wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają opodatkowaniu ryczałtem

Spółka z o.o., której udziałowiec pełni funkcje fundatora i członka zarządu fundacji, ma prawo do opodatkowania ryczałtem, o ile nie posiada on praw do świadczeń majątkowych jako fundator lub beneficjent, zgodnie z art. 28j ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.

Skuteczność wyboru opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek nie zostaje uchylona przez oczywistą omyłkę pisarską w zawiadomieniu ZAW-RD, o ile omyłka ta zostanie niezwłocznie poprawiona, a pozostałe warunki formalne i materialne dla wyboru ryczałtu zostaną spełnione. Poprawa daty końcowej w zawiadomieniu wpływa wyłącznie deklaratoryjnie.

Wpłaty na PFRON nie stanowią dochodu z wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, gdyż nie mają charakteru sankcyjnego i są związane z funkcjonowaniem przedsiębiorstwa, a zatem nie wlicza się ich do dochodu opodatkowanego ryczałtem od dochodów spółek.

Połączenie spółek opodatkowanych ryczałtem na zasadach estońskiego CIT, przy zachowaniu ciągłości opodatkowania obu podmiotów, oraz zastosowaniu metody łączenia udziałów w rozliczeniu księgowym, nie powoduje powstania przychodu ani utraty prawa do ryczałtu i nie wymaga płatności korekty wstępnej.

Zawiadomienie ZAW-RD o wyborze opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, złożone we właściwym terminie, lecz wysłane do niewłaściwego urzędu skarbowego, nie wywołuje negatywnych skutków prawnych, o ile zostało przekazane do właściwego organu. Brak wzorcowego sprawozdania finansowego nie uniemożliwia wyboru ryczałtu, gdy nie stanowi przesłanki negatywnej w ustawie o CIT.

W przypadku podjęcia uchwały o wypłacie zaliczki na dywidendę przez Spółkę z o.o. jako małego podatnika, właściwe jest zastosowanie 10% stawki Estońskiego CIT. Jednak dla podziału zysku w roku, w którym Spółka traci status małego podatnika, wymagana jest stawka 20%, co obliguje do korekty pierwotnego opodatkowania.

Członkostwo spółki opodatkowanej estońskim CIT w spółdzielni energetycznej nie wyklucza stosowania ryczałtu, o ile spółdzielnia nie stanowi spółki kapitałowej, a transakcje między stronami przebiegają na warunkach rynkowych, eliminując ryzyko uznania za ukryte zyski.

Podpisanie sprawozdania finansowego wyłącznie przez członków zarządu, bez podpisu osoby formalnie niepowołanej do księgowości, jest zgodne z przepisami ustawy o rachunkowości i nie wpływa na skuteczność wyboru estońskiego CIT, przy spełnieniu wszystkich pozostałych formalnych warunków.

Członkostwo spółki z o.o. opodatkowanej estońskim CIT w spółdzielni energetycznej nie wyklucza z opodatkowania ryczałtem. Transakcje za energię pomiędzy spółką a spółdzielnią, realizowane po cenach rynkowych, nie są traktowane jako ukryte zyski podlegające dodatkowym obciążeniom podatkowym.

Wpłaty na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, dokonywane przez spółki objęte ryczałtem CIT, nie stanowią sankcyjnych wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą podatnika i nie są objęte opodatkowaniem ryczałtem od dochodów spółek.

Spełnienie warunku corocznego zwiększania zatrudnienia zgodnie z art. 28j ust. 2 pkt 2 CIT nie wymaga całorocznego zatrudnienia nowego pracownika, o ile docelowy wymiar w czwartym roku obejmuje pełne 300 dni. Brak jego spełnienia do końca roku skutkuje utratą prawa do ryczałtu, nie wymagając korekty wcześniejszych lat.

Podatnik rozpoczynający działalność gospodarczą jest zwolniony z obowiązku spełnienia warunku zatrudnienia w pierwszym roku działalności oraz dwóch następnych latach, z zobowiązaniem do corocznego zwiększania zatrudnienia o pełen etat do osiągnięcia wymaganego przez ustawę poziomu zatrudnienia w czwartym roku opodatkowania ryczałtem.

Spółka działająca jako płatnik nie ma prawa do korekty zryczałtowanego podatku PIT od wypłat zaliczek na dywidendę przy zastosowaniu 70% pomniejszenia, jeżeli w momencie faktycznej wypłaty zaliczek, stawka Estońskiego CIT wynosiła 10%, co uzasadnia pomniejszenie 90%.