Podmiot dzielony po podziale przez wydzielenie, pod warunkiem, że zarówno on, jak i podmiot przejmujący są opodatkowani ryczałtem od dochodów spółek, zachowuje prawo do estońskiego CIT. Warunek braku nadwyżki wartości rynkowej nad podatkową składników wyłącza powstanie dochodu z art. 28m ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.

Czynsz najmu za nieruchomość, niebędący efektem działań między podmiotami powiązanymi wywierających wpływ na decyzje spółki, ustalony na warunkach rynkowych i niezależny od zysków spółki, nie stanowi ukrytego zysku w rozumieniu art. 28m ust. 3 pkt 3 ustawy o CIT i nie podlega opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek.

Objęcie przez wspólnika udziałów w nowo utworzonej spółce w wyniku podziału przez wydzielenie majątku stanowiącego zorganizowaną część przedsiębiorstwa nie skutkuje powstaniem przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, pod warunkiem spełnienia przesłanek neutralności podatkowej przewidzianych w ustawie.

Brak archiwizacji sprawozdania finansowego sporządzonego zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT oraz art. 45 ustawy o rachunkowości narusza obowiązek jego sporządzenia i przechowywania, a tym samym uniemożliwia uznanie reżimu ryczałtowego przez Spółkę.

W przypadku podziału spółki przez wydzielenie, jeżeli zarówno spółka dzielona, jak i przejmująca są opodatkowane ryczałtem od dochodów spółek, to spółka przejmująca zachowuje prawo do estońskiego CIT, zgodnie z art. 28I ust. 1 pkt 4 lit. c ustawy o CIT.

Wynagrodzenie za umorzenie udziałów, finansowane zarówno z zysku ryczałtowego, jak i z kapitału zapasowego pochodzącego z agio, stanowi dochód z tytułu ukrytych zysków i podlega opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek na podstawie art. 28m ust. 3 pkt 5 ustawy o CIT.

Wynagrodzenie wypłacane za nabywane towary od podmiotu powiązanego przez spółkę korzystającą z estońskiego CIT, o ile ustalone na warunkach rynkowych i niezwiązane z prawem do udziału w zysku, nie jest kwalifikowane jako dochód z ukrytych zysków na podstawie art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, wobec braku przesłanek do jego opodatkowania ryczałtem.

Wydatki na zakup palet drewnianych od osób fizycznych, przeznaczonych do dalszej odsprzedaży, udokumentowane zgodnie z wymogami ustawy o rachunkowości, są związane z działalnością gospodarczą spółki opodatkowanej ryczałtem i nie stanowią dochodu z tytułu wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą.

Zaległe składki ZUS opłacone przez podatnika są wydatkami związanymi z działalnością gospodarczą i mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, a nie uznane za wydatki niezwiązane z działalnością opodatkowujące ryczałtem, co potwierdza brak związku z art. 28m ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT.

Wynagrodzenie wypłacane przez A na rzecz B z tytułu usług i transakcji nie stanowi ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą na podstawie art. 28m ust. 1 pkt 2 i 3 ustawy o CIT, co oznacza brak opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek po stronie A.

Środki otrzymywane z tytułu zaliczki i funduszu gwarancyjnego w ramach umowy faktoringu stanowią "przychód z wierzytelności" w rozumieniu art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. a ustawy o CIT, co wpływa na możliwość korzystania z CIT Estońskiego.

Wypłata przez spółkę z o.o. zysków z lat ubiegłych wypracowanych w ramach jednoosobowej działalności gospodarczej, które zostały wcześniej opodatkowane podatkiem PIT, nie skutkuje powstaniem dochodu podlegającego opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek na podstawie art. 28m Ustawy o CIT.

Posiadanie przez wspólnika spółki statusu fundatora fundacji i członka jej zarządu, bez prawa do świadczeń majątkowych, nie wyklucza opodatkowania spółki ryczałtem od dochodów spółek.

W przypadku inwestowania w obligacje zerokuponowe przez spółkę, przychód uwzględniany przy ocenie warunków art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. f ustawy o CIT obejmuje zarówno dyskonto, jak i zwrot kapitału, stanowiąc całość realizacji praw z instrumentów finansowych.

W kontekście art. 30a ust. 19 ustawy o PIT, wspólnik spółki opodatkowanej ryczałtem od dochodów ma prawo do pomniejszenia zryczałtowanego podatku dochodowego od dywidend niemających statusu ostatecznego przysporzenia o określony procent należnego ryczałtu, mimo jego niezapłacenia.

Dofinansowanie składek na ubezpieczenie na życie dla członków zarządu oraz powiązanych pracowników, przyznawane na zasadach wewnętrznego regulaminu spółki, nie stanowi ukrytych zysków podlegających opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT. Świadczenia te są przyznawane w oparciu o obiektywne kryteria oraz funkcję pełnioną w spółce.

Podatnik estońskiego CIT musi spełniać warunek zatrudniania co najmniej trzech osób na pełnych etatach przez 300 dni roku podatkowego, co oznacza, że sumaryczne łączenie etatodni nie jest dopuszczalne.

Do skutecznego wyboru opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek (estoński CIT) konieczne jest sporządzenie oraz prawidłowe podpisanie sprawozdania finansowego w ustawowym terminie. Późniejsze podpisanie sprawozdania uznawane jest za jego niesporządzenie zgodnie z wymogami ustawy o rachunkowości, co uniemożliwia wybór tej formy opodatkowania.

Przejęcie przez spółkę opodatkowaną Estońskim CIT innego podmiotu nie powoduje utraty prawa do opodatkowania ryczałtem, jeśli przejęta spółka spełni wymogi zamknięcia ksiąg oraz sporządzenia sprawozdania finansowego, a rozliczenie dokonane zostanie metodą łączenia udziałów bez przeszacowania wartości składników majątku.

Wynagrodzenie otrzymane przez jednoosobową działalność gospodarczą wspólnika za usługi świadczone dla spółki nie stanowi ukrytego zysku i nie podlega opodatkowaniu estońskim CIT, gdyż transakcje mają uzasadnienie biznesowe i zostały zrealizowane na warunkach rynkowych.

Wypłata zysków wypracowanych przed przekształceniem jednoosobowej działalności gospodarczej w spółkę z o.o. nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych po zadeklarowaniu przez spółkę opodatkowania ryczałtem, albowiem nie spełnia przesłanek uznania za dochód z tytułu podzielonego zysku lub ukrytych zysków. Zyski te nie były bowiem wypracowane w czasie opodatkowania ryczałtem.

Czynsz najmu nieruchomości płacony przez spółkę z o.o. od wspólników i ich teściów w warunkach rynkowych, potrzebny do prowadzenia działalności gospodarczej, nie jest ukrytym zyskiem w świetle art. 28m ust. 3 w zw. z ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT.

Przychody uzyskane z faktoringu własnych wierzytelności stanowią przychody z wierzytelności w rozumieniu art. 28j ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT. Przekroczenie progu 50% przychodów z takich źródeł wyklucza możliwość opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Spółka nie spełniła wymogów umożliwiających zastosowanie przepisów dotyczących CIT estońskiego, ponieważ nie zwiększyła zatrudnienia do wymaganych poziomów od początku opodatkowania ryczałtem, wbrew regulacjom art. 28j ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.