Podatnik wybierający opodatkowanie ryczałtem musi sporządzić sprawozdanie finansowe zgodnie z ustawą o rachunkowości, w tym w wymaganej formie elektronicznej z odpowiednimi podpisami elektronicznymi; niespełnienie tego wymogu skutkuje nieskutecznością wyboru opodatkowania ryczałtem.

Planowany podział przez wydzielenie nie skutkuje obowiązkiem zapłaty Ryczałtu zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 1, 3-6 ustawy o CIT; jedyny opodatkowany dochód to dochód z ukrytych zysków, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 i art. 28m ust. 3 pkt 6 ustawy.

Posiadanie certyfikatów inwestycyjnych typu ETF przez spółkę, nawet gdy są używane w celu zarządzania płynnością, stanowi naruszenie warunku określonego w art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT, wykluczając możliwość opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Wypłaty czynszu najmu nieruchomości przez spółkę opodatkowaną estońskim CIT na rzecz podmiotu powiązanego, zawarte na warunkach rynkowych przed wyborem tego modelu, nie stanowią ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą w rozumieniu ustawy o CIT.

Podatnik, dokonując wyboru estońskiego CIT przed upływem roku podatkowego, musi zamknąć księgi rachunkowe i sporządzić oraz podpisać sprawozdanie finansowe zgodnie z ustawą o rachunkowości. Brak terminowego podpisu przez kierownika jednostki uniemożliwia skuteczne zastosowanie estońskiego CIT.

Podział spółki opodatkowanej ryczałtem, poprzez wydzielenie zorganizowanej części przedsiębiorstwa do innej spółki również opodatkowanej ryczałtem, nie skutkuje utratą prawa do opodatkowania ryczałtem. Pomniejszenie kapitału zapasowego wskutek takiego podziału prowadzi do powstania dochodu z tytułu ukrytych zysków, jako że kwota przeznaczona na podwyższenie kapitału zakładowego przejmującej spółki

Wydatki związane z użytkowaniem samochodów służbowych, nawet przy ich prywatnym wykorzystaniu przez pracowników niebędących wspólnikami, nie stanowią ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, zgodnie z art. 28m ustawy CIT, i nie podlegają opodatkowaniu ryczałtem od przychodów spółek.

Podatnik opodatkowany ryczałtem od dochodów spółek (estoński CIT) uprawniony jest do rezygnacji z tej formy opodatkowania z końcem każdego roku podatkowego, przed upływem czteroletniego okresu, pod warunkiem złożenia odpowiedniego zawiadomienia w urzędzie skarbowym w obowiązującym terminie.

Przekazanie przez spółkę darowizny na rzecz fundacji, wpisujące się w strategię społecznej odpowiedzialności biznesu, nie stanowi wydatku niezwiązanego z działalnością gospodarczą i nie rodzi obowiązku podatkowego z tego tytułu, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT.

Odmowa podpisu sprawozdania finansowego nie oznacza jego sporządzenia zgodnie z przepisami, uniemożliwiając wybór ryczałtu od dochodów spółek według art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Na gruncie przepisów o ryczałcie od dochodów spółek, spółka z o.o. powstała z przekształcenia spółki cywilnej nie kwalifikuje się jako podatnik rozpoczynający działalność, co wyklucza możliwość korzystania z preferencyjnych warunków zatrudnienia przewidzianych dla nowych podatników.

Podatnik rozpoczynający działalność gospodarczą, by korzystać z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, w drugim i trzecim roku działalności winien jedynie zwiększyć zatrudnienie o co najmniej jeden etat rocznie bez konieczności spełnienia wymogu zatrudnienia przez 300 dni; pełny wymóg dotyczy dopiero czwartego roku działalności.

Opłaty z tytułu najmu lokalu użytkowego wypłacane przez Spółkę na rzecz wspólnika, realizowane na warunkach odpowiadających wartościom rynkowym i podyktowane rzeczywistymi potrzebami biznesowymi, nie stanowią dochodu z tytułu ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT.

Pomniejszenie zryczałtowanego podatku od dywidend, o którym mowa w art. 30a ust. 19 ustawy PIT, wymaga formalnego wyodrębnienia dochodów uzyskanych pod estońskim CIT w sprawozdaniu finansowym; brak takiego ujęcia wyklucza możliwość skorzystania z preferencji.

W przypadku gdy podatnik nie zamknie ksiąg rachunkowych oraz nie sporządzi sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający przejście na opodatkowanie ryczałtem, wybór tej formy opodatkowania jest nieskuteczny, zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Spółka, która zakończyła opodatkowanie Estońskim CIT i wykorzystała całkowicie zysk netto z tego okresu na pokrycie strat z tego samego okresu, nie jest zobowiązana do zapłaty ryczałtu od rozdysponowanego dochodu z tytułu zysku netto.

Spółka z o.o. rozpoczyna działalność w dniu zawarcia umowy (powstania spółki w organizacji), a nie dopiero z dniem wpisu do KRS. Dla uzyskania statusu podatnika rozpoczynającego działalność niezbędne jest spełnienie warunków formalnych w tym potwierdzenia zamknięcia ksiąg na koniec poprzedniego okresu podatkowego przed obłożeniem opodatkowaniem ryczałtowym.

Na dzień przekształcenia z umów leasingu operacyjnego przekształconej spółki jawnej nie powstaje dochód z przekształcenia, gdyż nie sposób ustalić wartości podatkowej składników majątku, które są przedmiotem leasingu operacyjnego, z uwagi na brak ich amortyzacji podatkowej oraz niemożność ich zbycia.

Sprzedaż lokalu niemieszkalnego przez spółkę, rozliczającą się ryczałtem od dochodów, na rzecz wspólnika pełniącego funkcję prezesa zarządu, przy wycenie ceny rynkowej przez niezależnego rzeczoznawcę, nie stanowi ukrytego zysku zgodnie z art. 28m ust. 3 ustawy o CIT.

Zawarcie umowy spółki powoduje powstanie podmiotowości prawnej, co obliguje do zgłoszenia wyboru ryczałtu od dochodów spółek w ustawowym terminie, niezależnie od braków formalnych związanych z numerem NIP, który można później uzupełnić.

Podział Spółki Dzielonej przez wydzielenie do podmiotu również opodatkowanego ryczałtem od dochodów spółek, nie skutkuje utratą prawa do ryczałtu ani obowiązkiem zapłaty podatku od zmiany wartości składników majątku.

Prowizje i odsetki wypłacane wspólnikom Spółki w okresie jej opodatkowania Estońskim CIT stanowią dochód z tytułu ukrytych zysków, podlegający opodatkowaniu ryczałtem, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, niezależnie od warunków rynkowych umów pożyczkowych.

Podatnik opodatkowany ryczałtem od dochodów spółek zgodnie z art. 28l ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT może zrezygnować z tego opodatkowania z końcem roku podatkowego nawet przed upływem wybranego czteroletniego okresu, o ile rezygnację dokona poprzez odpowiednią deklarację CIT-8E.

Wydatki na kary umowne związane z bieżącą działalnością gospodarczą, mimo sankcyjnego charakteru, mogą nie być uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, o ile wykazują związek z prowadzoną działalnością. Kary pieniężne nakładane w trybie administracyjnym, wskazujące na zaniedbania, mogą być traktowane jako wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają opodatkowaniu ryczałtem