Dla skutecznego wyboru opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, niezbędnym jest spełnienie wymogu zamknięcia ksiąg rachunkowych i sporządzenia sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający objęcie tej formy opodatkowania, niezależnie od braku prowadzonej działalności operacyjnej przed tym dniem.

Pożyczka udzielona przez spółkę opodatkowaną estońskim CIT, nawet przy zachowaniu warunków rynkowych i przeznaczeniu inwestycyjnym, może być traktowana jako ukryty zysk podlegający opodatkowaniu zgodnie z art. 28m ust. 3 pkt 1 ustawy o CIT, ze względu na swą potencjalną równoważność z dystrybucją zysków.

Wydatki poniesione jako partycypacja w inwestycji drogowej mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, o ile są bezpośrednio związane z prowadzeniem działalności gospodarczej i spełniają pozostałe kryteria uznaniowe. Ponadto, w kontekście ryczałtu od dochodów spółek, tego rodzaju wydatków nie traktuje się jako dochody niezwiązane z działalnością gospodarczą, jeśli mają one ekonomiczne uzasadnienie

Podatnik opodatkowany ryczałtem, spełniający wymogi z art. 28j CIT, kontynuuje opodatkowanie na kolejne okresy czteroletnie bez konieczności składania kolejnego ZAW-RD, o ile nie złoży rezygnacji.

W reżimie estońskiego CIT, wypłata dywidendy rzeczowej w postaci przeniesienia własności nieruchomości przez spółkę na wspólników nie generuje przychodu podatkowego w rozumieniu art. 14a ustawy o CIT; stosuje się zasady wynikające z ryczałtu od dochodów spółek.

Nieopatrzenie sprawozdania finansowego wymaganymi podpisami przed upływem trzymiesięcznego terminu od dnia bilansowego narusza wymogi art. 28j ust. 5 ustawy o CIT, przez co nie dochodzi do skutecznego wyboru opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Podatnik wybierający opodatkowanie ryczałtem musi sporządzić sprawozdanie finansowe zgodnie z ustawą o rachunkowości, w tym w wymaganej formie elektronicznej z odpowiednimi podpisami elektronicznymi; niespełnienie tego wymogu skutkuje nieskutecznością wyboru opodatkowania ryczałtem.

Planowany podział przez wydzielenie nie skutkuje obowiązkiem zapłaty Ryczałtu zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 1, 3-6 ustawy o CIT; jedyny opodatkowany dochód to dochód z ukrytych zysków, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 i art. 28m ust. 3 pkt 6 ustawy.

Posiadanie certyfikatów inwestycyjnych typu ETF przez spółkę, nawet gdy są używane w celu zarządzania płynnością, stanowi naruszenie warunku określonego w art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT, wykluczając możliwość opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Wypłaty czynszu najmu nieruchomości przez spółkę opodatkowaną estońskim CIT na rzecz podmiotu powiązanego, zawarte na warunkach rynkowych przed wyborem tego modelu, nie stanowią ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą w rozumieniu ustawy o CIT.

Podatnik, dokonując wyboru estońskiego CIT przed upływem roku podatkowego, musi zamknąć księgi rachunkowe i sporządzić oraz podpisać sprawozdanie finansowe zgodnie z ustawą o rachunkowości. Brak terminowego podpisu przez kierownika jednostki uniemożliwia skuteczne zastosowanie estońskiego CIT.

Podział spółki opodatkowanej ryczałtem, poprzez wydzielenie zorganizowanej części przedsiębiorstwa do innej spółki również opodatkowanej ryczałtem, nie skutkuje utratą prawa do opodatkowania ryczałtem. Pomniejszenie kapitału zapasowego wskutek takiego podziału prowadzi do powstania dochodu z tytułu ukrytych zysków, jako że kwota przeznaczona na podwyższenie kapitału zakładowego przejmującej spółki

Wydatki związane z użytkowaniem samochodów służbowych, nawet przy ich prywatnym wykorzystaniu przez pracowników niebędących wspólnikami, nie stanowią ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, zgodnie z art. 28m ustawy CIT, i nie podlegają opodatkowaniu ryczałtem od przychodów spółek.

Podatnik opodatkowany ryczałtem od dochodów spółek (estoński CIT) uprawniony jest do rezygnacji z tej formy opodatkowania z końcem każdego roku podatkowego, przed upływem czteroletniego okresu, pod warunkiem złożenia odpowiedniego zawiadomienia w urzędzie skarbowym w obowiązującym terminie.

Przekazanie przez spółkę darowizny na rzecz fundacji, wpisujące się w strategię społecznej odpowiedzialności biznesu, nie stanowi wydatku niezwiązanego z działalnością gospodarczą i nie rodzi obowiązku podatkowego z tego tytułu, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT.

Odmowa podpisu sprawozdania finansowego nie oznacza jego sporządzenia zgodnie z przepisami, uniemożliwiając wybór ryczałtu od dochodów spółek według art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Na gruncie przepisów o ryczałcie od dochodów spółek, spółka z o.o. powstała z przekształcenia spółki cywilnej nie kwalifikuje się jako podatnik rozpoczynający działalność, co wyklucza możliwość korzystania z preferencyjnych warunków zatrudnienia przewidzianych dla nowych podatników.

Podatnik rozpoczynający działalność gospodarczą, by korzystać z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, w drugim i trzecim roku działalności winien jedynie zwiększyć zatrudnienie o co najmniej jeden etat rocznie bez konieczności spełnienia wymogu zatrudnienia przez 300 dni; pełny wymóg dotyczy dopiero czwartego roku działalności.

Opłaty z tytułu najmu lokalu użytkowego wypłacane przez Spółkę na rzecz wspólnika, realizowane na warunkach odpowiadających wartościom rynkowym i podyktowane rzeczywistymi potrzebami biznesowymi, nie stanowią dochodu z tytułu ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT.

Pomniejszenie zryczałtowanego podatku od dywidend, o którym mowa w art. 30a ust. 19 ustawy PIT, wymaga formalnego wyodrębnienia dochodów uzyskanych pod estońskim CIT w sprawozdaniu finansowym; brak takiego ujęcia wyklucza możliwość skorzystania z preferencji.

W przypadku gdy podatnik nie zamknie ksiąg rachunkowych oraz nie sporządzi sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający przejście na opodatkowanie ryczałtem, wybór tej formy opodatkowania jest nieskuteczny, zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Spółka, która zakończyła opodatkowanie Estońskim CIT i wykorzystała całkowicie zysk netto z tego okresu na pokrycie strat z tego samego okresu, nie jest zobowiązana do zapłaty ryczałtu od rozdysponowanego dochodu z tytułu zysku netto.

Spółka z o.o. rozpoczyna działalność w dniu zawarcia umowy (powstania spółki w organizacji), a nie dopiero z dniem wpisu do KRS. Dla uzyskania statusu podatnika rozpoczynającego działalność niezbędne jest spełnienie warunków formalnych w tym potwierdzenia zamknięcia ksiąg na koniec poprzedniego okresu podatkowego przed obłożeniem opodatkowaniem ryczałtowym.

Przychody osiągane przez lekarza specjalistę prowadzącego działalność gospodarczą, które różnią się od uprzednio wykonywanych dla pracodawcy w ramach stosunku pracy, mogą być opodatkowane ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych.