Rozwiązanie spółki cywilnej, skutkujące przeniesieniem majątku do wspólników na zasadzie zniesienia współwłasności, obliguje do opodatkowania zgodnie z art. 14 ustawy o VAT i sporządzenia spisu z natury, jeśli z opodatkowanego nabycia wynikło prawo do odliczenia VAT.
Podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego od towarów i usług nabywanych w związku z likwidacją, jeśli nabycia mają związek z wcześniejszą działalnością opodatkowaną spółdzielni i spełnione są warunki art. 86 ustawy o VAT.
Koszty procesów likwidacyjnych spółdzielni mogą zostać uznane za koszty uzyskania przychodów w zakresie przychodów opodatkowanych, z uwzględnieniem proporcjonalnego przypisania w sytuacji osiągania również przychodów zwolnionych z opodatkowania. Konieczne jest wykazanie związku przyczynowego między ponoszonymi kosztami a osiągniętymi przychodami.
Spółka z siedzibą w Polsce ma prawo uwzględniać w zeznaniu CIT dochody i straty oddziałów zagranicznych pod warunkiem, że pozwala na to metoda unikania podwójnego opodatkowania ustalona w umowach międzynarodowych. W przypadku oddziałów na Litwie i Rumunii zastosowanie ma metoda proporcjonalnego odliczenia, podczas gdy dla Czech i Węgier obowiązuje metoda wyłączenia z progresją.
Niespłacenie zobowiązań pożyczkowych przez spółkę w trakcie jej likwidacji nie skutkuje powstaniem przychodu podatkowego, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o CIT, gdyż likwidowana spółka zakończy swoje istnienie prawne, a przychodem mogą być tylko faktyczne przysporzenia majątkowe.
W wartości przychodu osiągniętego w wyniku likwidacji spółki z o.o., zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 50a ustawy PIT, zwolnieniu z opodatkowania podlega część odpowiadająca kosztowi objęcia udziałów, natomiast nadwyżka powyżej tej wartości podlega opodatkowaniu.
Przychód uzyskany w związku z likwidacją spółki z o.o. korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych na mocy art. 21 ust. 1 pkt 50a ustawy PIT, o ile odpowiada wartości kosztów nabycia lub objęcia udziałów w tej spółce.
W przypadku likwidacji spółki nabywającej, kosztem nabycia udziałów jest wartość rynkowa wniesionego wkładu niepieniężnego, określona na dzień wniesienia. Nie wprowadza się przy tym zwolnienia z uwagi na brak wyraźnie regulowanych kosztów w art. 21 ust. 1 pkt 50a ustawy PIT.
Nieodpłatne przekazanie nieruchomości wspólnikom w ramach likwidacji spółki jawnej nie stanowi dostawy towarów podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, o ile przy nabyciu nieruchomości nie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Wartość majątku likwidacyjnego, przekazywanego przez spółkę w procesie likwidacji, tworzy przychód podatkowy odpowiadający wartości rynkowej przekazywanych składników, przy jednoczesnym uznaniu kosztów uzyskania przychodów w wysokości nominalnej przekazywanych wierzytelności, ograniczonej do wartości przychodu, według art. 14a i art. 12 ustawy o CIT.
Nabycie wierzytelności w związku z likwidacją spółki kapitałowej skutkuje powstaniem przychodu podatkowego wyłącznie w części przekraczającej koszt nabycia lub objęcia udziałów, zaś wygaśnięcie wierzytelności wskutek konfuzji nie rodzi takiego obowiązku. Przekazanie majątku likwidacyjnego in natura stanowi przychód podatkowy w wysokości rynkowej wartości przekazanych aktywów.
Nabycie wierzytelności w ramach likwidacji spółki z o.o. tworzy przychód podatkowy po otrzymującej stronie w wartości netto przekraczającej koszt nabycia udziałów. Wygaśnięcie wierzytelności przez konfuzję nie stanowi przychodu, w braku przełomowej korzyści majątkowej. Przekazanie majątku likwidacyjnego z kolei prowadzi do powstania przychodu równemu wartości rynkowej przekazanych składników.
Wykonanie świadczenia niepieniężnego w celu regulacji zobowiązań z tytułu dywidendy lub likwidacji prowadzi do powstania podatkowego przychodu, odpowiadającego wartości zobowiązania bądź wyższej wartości rynkowej świadczenia, zgodnie z art. 14a ustawy o CIT.
Przekazanie nieruchomości przez likwidowaną spółkę z o.o. na rzecz jej kościelnego wspólnika stanowi przychód podatkowy na zasadzie art. 14a ustawy o CIT, który może być pomniejszony o koszty uzyskania, oraz potencjalnie zwolniony z podatku, jeśli spełnione są warunki art. 17 ust. 1 pkt 4b CIT.
W przypadku przekształcenia zakładu budżetowego w jednostkę budżetową, dla celów obliczenia wartości prewspółczynnika VAT za dany rok, należy wyliczyć wspólny prewspółczynnik uwzględniając dane finansowe za cały rok obejmujący działalność obu struktur organizacyjnych, zapewniając zgodność z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT.
Likwidacja oddziałów terenowych i przekazanie ich majątku do nowych jednostek organizacyjnych nie skutkuje zastosowaniem art. 93c § 1 Ordynacji podatkowej, a zatem nie powoduje sukcesji praw i obowiązków podatkowych tych oddziałów na nowo utworzone podmioty.
Zasada zwolnienia podmiotowego przewidziana w art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy CIT nie ma zastosowania do mienia likwidacyjnego SCSp otrzymanego przez fundację rodzinną, gdyż SCSp nie jest podatnikiem podatku CIT. Niemniej jednak, zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 3b ustawy CIT, mienie to na moment likwidacji nie stanowi przychodu podatkowego, a stanie się nim dopiero przy odpłatnym zbyciu.
Podatnik będący w likwidacji zachowuje prawo do odliczenia podatku VAT od wydatków niezbędnych do zakończenia działalności gospodarczej. Likwidator świadczący usługi na zlecenie spółki jest uznany za podatnika VAT, co uprawnia likwidowaną spółkę do odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych przez likwidatora.
Zakończenie likwidacji i wykreślenie spółki z rejestru przedsiębiorców KRS, bez spłaty pożyczek i odsetek wobec udziałowca, nie skutkuje powstaniem przychodu podatkowego ani obowiązkiem poboru podatku u źródła, gdyż brak jest realnego przysporzenia majątkowego oraz faktycznej wypłaty odsetek.
Wygaśnięcie wierzytelności spółki wobec wspólników wskutek konfuzji nie powoduje przychodu podatkowego. Jednakże przekazanie wierzytelności wspólnikowi jako majątku polikwidacyjnego skutkuje powstaniem przychodu z udziału w zyskach osób prawnych podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, zgodnie z art. 24 ust. 5 pkt 3 ustawy o PIT.
Otrzymanie wierzytelności przez wspólnika w wyniku likwidacji spółki powoduje powstanie przychodu z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, nawet jeśli wierzytelność wygasa na skutek konfuzji, zgodnie z art. 7b ust. 1 pkt 1 lit. e ustawy o CIT.
Nabyte budynki i ogrodzenie nie zalicza się do środków trwałych, gdyż przeznaczone są do rozbiórki celem budowy nowego obiektu. Wydatki na ich nabycie oraz likwidację wchodzą w skład kosztu wytworzenia środka trwałego w postaci nowej inwestycji budowlanej.
Na gruncie ustawy o podatku od towarów i usług sam fakt późniejszego uznania cywilnoprawnej transakcji za bezskuteczną nie znosi skutków podatkowych przeniesienia władztwa nad towarem, a tym samym zachodzi potrzeba wystawienia faktury korygującej i dokonania korekty podatku na zasadzie bieżącej.
Koszty nabycia udziałów w spółce likwidowanej nie mogą być określane jako wartość wkładu wniesionego do tej spółki, lecz muszą być rzeczywistymi wydatkami poniesionymi na nabycie udziałów spółki, która była przedmiotem wkładu. Opodatkowaniu podlega różnica między wartością majątku likwidacyjnego a tymi rzeczywistymi kosztami.