Podatnicy w przypadku błędów w danych podmiotu trzeciego na fakturze ustrukturyzowanej, które nie wpływają na opodatkowanie ani stronę transakcji (JST), mogą dokonać korekty poprzez fakturę korygującą. Taka korekta jest neutralna podatkowo i nie wymaga uwzględnienia w ewidencjach podatkowych VAT i JPK_V7.
Prawo do odliczenia VAT naliczonego przysługuje z faktur doręczonych poza KSeF, pomimo wymogu użycia KSeF, gdy spełnione są inne warunki określone w ustawie o VAT. Niedopełnienie obowiązku wystawienia faktury w KSeF nie stanowi przesłanki negatywnej wykluczającej prawo do odliczenia podatku naliczonego.
Dane sprzedawcy na fakturze ustrukturyzowanej muszą odzwierciedlać zarówno tożsamość podatnika, jak i aktywność gospodarczą prowadzoną na terenie Polski. Prawidłowo wystawiona faktura może zawierać dane zarówno spółki macierzystej, jak i jej oddziału, o ile umożliwia jednoznaczną identyfikację podatnika oraz spełnia wymogi formalne dotyczące struktury faktury.
Faktury wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur, które spełniają inne formalne wymogi przepisów podatkowych, mogą być podstawą do uznania wydatków nimi udokumentowanych za koszty uzyskania przychodów na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych.
Kosztami uzyskania przychodów mogą być wydatki dokumentowane fakturami wystawionymi bez użycia KSeF, o ile spełniają definicję z art. 15 ust. 1 Ustawy CIT, a w szczególności są związane z przychodami oraz właściwie udokumentowane, niezależnie od formy wystawionych faktur.
Małoletni podatnik VAT, który ukończył 13 lat, zobowiązany jest do wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez KSeF, przy czym czynności faktyczne i organizacyjne mogą być realizowane z udziałem przedstawiciela ustawowego, po uzyskaniu odpowiednich uprawnień.
GmbH nie posiada w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, co znosi obowiązki dotyczące KSeF; Retrofit stanowi świadczenie kompleksowe, opodatkowane według zasad odwrotnego obciążenia.
Pomimo obowiązku stosowania Krajowego Systemu e-Faktur do wystawiania faktur, nabywca, który otrzymał fakturę poza tym systemem, nadal zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonego, o ile spełnione są inne wymagane warunki, a wystawca faktury, a nie nabywca, jest podmiotem, na którym ciąży ewentualna sankcja za niedochowanie formy faktury ustrukturyzowanej.
Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF bez konieczności dokonywania korekty struktury JPK_V7M, pod warunkiem, że faktury te spełniają formalne i materialne wymogi odliczenia VAT.
Nietransakcyjna wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów podlega obowiązkowi wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pomocą Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF), a dokumentowanie za pomocą faktur pro forma jest niezgodne z wymogami ustawy o VAT.
W przypadku pomyłki w numerze NIP kontrahenta, podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej „do zera” i nowej faktury z poprawnym NIP; te dokumenty powinny być ujęte w ewidencji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy dla pierwotnej faktury, uwzględniając ograniczenia KSeF.
Podatnik ma prawo do odliczenia VAT wynikającego z faktur wystawionych poza KSeF, jeżeli faktury spełniają materialne i formalne wymogi ustawy o VAT, bez konieczności korygowania JPK_V7M w przypadku późniejszego wystawienia faktur w KSeF.
Faktury dokumentujące usługi związane z nieruchomościami położonymi na terenie Niemiec, wykonywane przez polskiego podatnika, podlegają obowiązkowi wystawiania w Krajowym Systemie e-Faktur, zgodnie z art. 106ga ustawy o VAT, mimo że miejsce opodatkowania usług znajduje się poza Polską.
Zadatki zatrzymane po odstąpieniu od umowy przedwstępnej nie stanowią zapłaty na poczet dostawy nieruchomości, lecz pełnią funkcję rekompensacyjną, nie będąc wynagrodzeniem za usługi, co wyklucza ich opodatkowanie VAT.
Podatnikowi, mimo otrzymania faktur zakupowych wystawionych bez użycia KSeF, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przesłanek związku z czynnościami opodatkowanymi i faktycznego nabycia towarów/usług, a korekta VAT naliczonego jest ustalana zgodnie z umownym terminem płatności faktur, bez względu na formę ich wystawienia.
Otrzymanie faktury zakupowej poza KSeF, mimo obowiązku wystawienia jej w formie ustrukturyzowanej, nie wyklucza prawa do odliczenia VAT naliczonego pod warunkiem, że faktura spełnia inne wymagania formalne i materialne oraz występuje związek nabycia z czynnościami opodatkowanymi.
Podatnik świadczący usługi pośrednictwa finansowego i ubezpieczeniowego zwolnione od VAT, nie jest zobowiązany do wystawiania faktur (w tym ustrukturyzowanych w KSeF), o ile nie zażądano ich w terminie określonym w art. 106b ust. 3 ustawy o VAT.
Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur wystawionych niezgodnie z obowiązkiem KSeF, o ile faktury te dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, odzwierciedlają transakcje podlegające opodatkowaniu i spełnione są pozostałe przesłanki odliczenia podatku VAT.
Poczynając od 1 lutego 2026 r., obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w Krajowym Systemie e-Faktur dotyczy zarówno podatników VAT czynnych, jak i zwolnionych, jednakże obowiązek ten powstaje jedynie w przypadku, gdy nabywca wyraża żądanie ich wystawienia zgodnie z art. 106b ust. 3 ustawy o VAT.
Podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej "do zera" oraz ponownie nowej faktury z prawidłowym NIP, ujmując te dokumenty w okresie, w którym powstała pierwotna obowiązek podatkowy; działanie to nie skutkuje powstaniem zaległości podatkowej.
Faktury zakupowe wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF), które spełniają wymogi dla faktur zwykłych, umożliwiają zaliczenie udokumentowanych nimi wydatków do kosztów uzyskania przychodów, zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, nawet mimo obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF.
Jeżeli faktura ustrukturyzowana zawiera błędny numer NIP, konieczne jest wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z prawidłowym NIP. Rozliczenie powinno nastąpić w okresie obowiązkowego podatkowego faktury pierwotnej.
Dopuszcza się zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych fakturami wystawionymi poza KSeF, o ile spełniają przesłanki art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, nawet jeśli zostaną później zgłoszone do KSeF.
Wydatki udokumentowane fakturami zakupowymi wystawionymi bez użycia KSeF, mimo takiego obowiązku, mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 Ustawy CIT, o ile faktury te spełniają wymogi dokumentacyjne i materialne uznania wydatku za koszt podatkowy.