Koszty odsetek od pożyczek zaciągniętych na refinansowanie środków trwałych mogą być alokowane stosując klucz przychodowy, gdy niemożliwe jest przypisanie ich do konkretnego rodzaju działalności (opodatkowanej lub zwolnionej z CIT). Natomiast koszty rat leasingu zwrotnego powinny być alokowane w zależności od przeznaczenia środków trwałych objętych leasingiem.

Podatnik, który ma możliwość jednoznacznego przyporządkowania wydatków związanych z remontem do czynności opodatkowanych, jest uprawniony do pełnego odliczenia VAT naliczonego związanego z tymi wydatkami, przy czym nie przysługuje mu takie uprawnienie dla wydatków związanych z czynnościami zwolnionymi.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu z art. 17 ust. 5 Ustawy o WNI skutkuje utratą prawa do zwolnienia z datą złożenia wniosku o wygaszenie, a nie ex tunc. Koszty związane z działalnością zwolnioną nie mogą być przeksięgowane na działalność opodatkowaną.

Samodzielny Publiczny Zespół Opieki Zdrowotnej ma prawo do częściowego odliczenia podatku VAT od wydatków inwestycyjnych według proporcji określonej w art. 90 ustawy o VAT, z opcją rezygnacji z odliczenia, jeśli proporcja nie przekroczy 2%. Inwestycja obejmuje działalność opodatkowaną i zwolnioną, a Szpital działa jako prosument energii odnawialnej.

Podatnikowi używającemu zakupionych towarów i usług wyłącznie do czynności zwolnionych z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego ani zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym z tytułu tych zakupów.

Podatnik, będący uczelnią publiczną, ma prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami na termomodernizację budynku, przy zastosowaniu proporcji oraz prewspółczynnika, w sytuacji gdy towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, zwolnionych oraz niepodlegających opodatkowaniu.

Przychody i koszty uzyskania przychodów związane ze sprzedażą produktów oraz usług montażu, wykonywanych w ramach wspieranej inwestycji, stanowią element kalkulacyjny wyniku podatkowego działalności zwolnionej, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, nawet jeżeli część działań jest realizowana poza terenem wsparcia.

Nie przysługuje prawo do odzyskania podatku VAT od wydatków na środki trwałe wykorzystywane wyłącznie do czynności zwolnionych, skutkujące niemożliwością kwalifikowania VAT jako kosztu kwalifikowalnego w projekcie współfinansowanym z funduszy unijnych.

Usługi w zakresie psychoterapii i superwizji psychoterapeutycznej, świadczone w ramach zawodu medycznego przez osoby posiadające odpowiednie kwalifikacje zawodowe, spełniające cel ochrony zdrowia psychicznego, podlegają zwolnieniu z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 19 ustawy o VAT.

Limit kosztów świadczeń niematerialnych, o którym mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, należy wyliczać bez uwzględnienia przychodów oraz kosztów uzyskania przychodów ze źródeł wolnych od opodatkowania CIT. Koszty związane z działalnością zwolnioną winny być pominięte w kalkulacji podatkowej EBITDA na potrzeby ustalania tego limitu.

Podmiotowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur związanych z projektem dedykowanym wyłącznie świadczeniu usług medycznych zwolnionych na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT, jako że brak jest związku zakupów z działalnością opodatkowaną.

Podatnik, który utracił prawo do zwolnienia z VAT, może, spełniając warunki z art. 113 ust. 11 ustawy o VAT, ponownie skorzystać ze zwolnienia od 1 stycznia 2025 roku, nawet przy późnym zawiadomieniu organu, pod warunkiem zachowania limitu sprzedaży i zgodności z zakresem działalności nieobjętej wykluczeniami.

Zwolnienie z CIT fundacji rodzinnej z tytułu sprzedaży lokalu w budynku na gruncie otrzymanym darowizną nie obejmuje mienia wytworzonego przez fundację będącego przedmiotem dalszego zbycia, co wykracza poza art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej i art. 6 ust. 7 ustawy o CIT. Fundamentem jest cel stworzenia fundacji, który jest niezgodny z działalnością deweloperską.

Sprzedaż niezabudowanej działki będącej terenem budowlanym podlega opodatkowaniu VAT jako dostawa towarów i nie korzysta ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy VAT. Transakcję dokumentuje się fakturą VAT, gdyż działka jest składnikiem majątku spółki działającej jako podatnik.

Gmina realizująca inwestycję o charakterze publicznym, nie wykorzystującą nabytych towarów i usług do czynności opodatkowanych, nie posiada prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT od tych zakupów, co skutkuje uznaniem VAT jako kosztu kwalifikowalnego.

Gminie przysługuje prawo do odliczenia części VAT naliczonego od wydatków związanych z realizacją projektu, przy zastosowaniu prewspółczynnika i współczynnika VAT, według zasad określonych w art. 86 i 90 ustawy o VAT oraz rozporządzeniu MF z 17 grudnia 2015 r., o ile nie wystąpią przesłanki negatywne z art. 88 ustawy.

Dochodów uzyskanych z nowej inwestycji realizowanej na terenie określonym decyzją o wsparciu, do momentu jej zakończenia, nie obejmuje zwolnienie od CIT przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT; stanowią one przychody z działalności opodatkowanej wraz z kosztami, które mogą być rozliczane na zasadach ogólnych.

Stosując metodę rachunkową do ustalania różnic kursowych, podatnik powinien wykazywać nadwyżki ujemnych lub dodatnich różnic kursowych jako koszty uzyskania przychodów lub przychody podatkowe, zgodnie z księgami rachunkowymi (ujęcie per saldo), a w przypadku kosztów wspólnych stosować art. 15 ust. 2-2a ustawy o CIT.

Szpitalowi, jako czynnemu podatnikowi VAT, przysługuje prawo do proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami służącymi zarówno czynnościom opodatkowanym, jak i zwolnionym od podatku, zgodnie z art. 90 ust. 2-8 ustawy o podatku od towarów i usług.

Odliczenie podatku naliczonego od wydatków związanych z organizacją działań statutowych jest możliwe, o ile te wydatki wykazują związek bezpośredni lub pośredni z działalnością opodatkowaną podatnika, a w sytuacjach mieszanych stosuje się odpowiednie proporcyjne metody odliczenia.

Wydatki z tytułu usług świadczonych przez podmiot powiązany mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów bez zastosowania ograniczeń, o których mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, jeżeli usługi te nie są wymienione w ustawie oraz są bezpośrednio związane z przychodami podatnika.

Podmiotowi przysługuje prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego od wydatków inwestycyjnych w zakresie czynności opodatkowanych VAT. Jednakże, przy proporcji wydatków poniżej 2%, zgodnie z art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy o VAT, podmiot może przyjąć, że proporcja wynosi 0% i nie dokonywać odliczeń.

Wniesienie prawa użytkowania wieczystego działek jako aportu do spółki podlega opodatkowaniu VAT i nie korzysta ze zwolnienia. Podstawą opodatkowania jest nominalna wartość udziałów, a Gminie przysługuje częściowe odliczenie VAT proporcjonalnie do działek objętych aportem.

W przypadku inwestycji wykorzystywanych do działalności mieszanej, rozliczenie podatku VAT naliczonego wymaga najpierw zastosowania prewspółczynnika, a następnie współczynnika struktury sprzedaży, zgodnie z art. 86 ust. 2a i 90 ust. 2 ustawy o VAT.