Podatnik może stosować alternatywne metody alokacji kosztów wspólnych, w tym opartych na zużyciu surowca, pod warunkiem wiarygodnego odzwierciedlenia rzeczywistego podziału kosztów, jeżeli metoda ta jest bardziej adekwatna niż klucz przychodowy określony w art. 15 ust. 2 ustawy o CIT.

Wydatki poniesione na nowe inwestycje, w tym hale produkcyjne, budynki administracyjne i infrastrukturę, kwalifikują się jako koszty dające prawo do zwolnienia podatkowego na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, a odpisy amortyzacyjne tych inwestycji mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, tym samym podlegając zwolnieniu podatkowemu.

Przychody i koszty uzyskania przychodów związane ze sprzedażą produktów oraz usług montażu, wykonywanych w ramach wspieranej inwestycji, stanowią element kalkulacyjny wyniku podatkowego działalności zwolnionej, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, nawet jeżeli część działań jest realizowana poza terenem wsparcia.

Zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych dochodów z działalności objętych decyzjami o wsparciu powinno być rozliczane zgodnie z kolejnością ich wydania, umożliwiając wykorzystanie niewykorzystanego limitu zwolnienia z jednej decyzji na inne, późniejsze etapy inwestycji, przy spełnieniu warunku posiadania co najmniej dwóch decyzji o wsparciu.

Koszty związane z budową budynku socjalno-biurowego, instalacji oraz fotowoltaiki na potrzeby nowej inwestycji, objęte są pomocą publiczną jako koszty kwalifikowane w rozumieniu ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji i zwolnione na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Koszty kwalifikowane nowej inwestycji w kontekście zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych mogą być uwzględniane wyłącznie, jeśli zostały poniesione faktycznie i w okresie ważności decyzji o wsparciu. Wydatki poniesione przed wydaniem decyzji nie mogą stanowić podstawy do zwolnienia, ponieważ przepisy o zwolnieniach podatkowych wymagają ścisłej interpretacji.

Podział przez wydzielenie, w trybie art. 529 § 1 pkt 4 KSH, który obejmuje zorganizowane części przedsiębiorstwa po stronie spółki dzielonej i nowo zawiązanej, nie skutkuje powstaniem przychodu na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 9 ustawy o CIT, jeżeli obie części majątku stanowią zorganizowane części przedsiębiorstwa.

Zmiana statusu przedsiębiorcy ze średniego na dużego w trakcie inwestycji na podstawie wydanej Decyzji o wsparciu nie wpływa na wysokość wskaźnika intensywności pomocy publicznej ani nie ogranicza prawa do kwalifikowania wydatków na używane środki trwałe.

Wydatki poniesione przez Spółkę na podstawie umów leasingu, spełniających warunki leasingu finansowego, stanowią koszty kwalifikowane do wsparcia na nową inwestycję w formie zwolnienia podatkowego zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT, pod warunkiem kontynuacji zakupów leasingowych jako środków trwałych. Wydatki te obejmują wstępną opłatę leasingową, opłatę manipulacyjną, raty leasingowe i kwotę

Odszkodowanie za szkody w środku trwałym, wydatkowane na jego remont lub zakup/wytworzenie nowych środków trwałych, podlega zwolnieniu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 54a Ustawy CIT. Pozostałe przychody z odszkodowań od ubezpieczyciela nie kwalifikują się do zwolnienia z opodatkowania jako dochody z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu.

Do dochodu zwolnionego z CIT, zgodnie z decyzją o wsparciu, nie należy wliczać dochodów z działalności realizowanych poza wskazanym terenem. Zwolnienie dotyczy wyłącznie dochodów uzyskanych z działalności na terenie określonym w decyzji, przy zachowaniu zasad cen transferowych.

Dopuszczalne jest prowadzenie jednej wspólnej ewidencji rachunkowej dla działalności zwolnionej z CIT w oparciu o wiele decyzji o wsparciu, z rozliczeniem pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania decyzji, gdy przepisy nie wymagają odrębności rozliczeń.

Wydatki poniesione przez Spółkę na budowę budynku socjalnego i biurowego stanowią koszty kwalifikowane, zwiększające limit zwolnienia podatkowego zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, pod warunkiem spełnienia kryteriów określonych w Decyzji o wsparciu.

Spółka będąca członkiem PGK może ponosić koszty kwalifikowane w ramach decyzji o wsparciu podczas funkcjonowania PGK, bez naruszenia wymogów art. 1a ust. 2 pkt 3 lit. a ustawy o CIT, jeżeli rzeczywiste korzystanie ze zwolnienia podatkowego następuje po zakończeniu funkcjonowania PGK.

Podatnik, który wykorzystał w pełni przyznany limit pomocy publicznej w ramach decyzji o wsparciu, przestaje osiągać dochody zwolnione z opodatkowania na jej podstawie, o ile decyzja nie wygeneruje nowych dochodów, może w tym samym roku kalendarzowym wybrać Estoński CIT.

Podatnik jest uprawniony do skorzystania ze zwolnienia z CIT zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a Ustawy CIT, począwszy od miesiąca osiągnięcia przychodu z nowej inwestycji, spełniając warunki Decyzji o wsparciu, niezależnie od wskazanej w niej formalnej daty zakończenia inwestycji.

Zmiana statusu przedsiębiorcy w toku realizacji inwestycji w Polskiej Strefie Inwestycji, po wydaniu decyzji o wsparciu, nie wpływa na wskaźnik intensywności pomocy publicznej ani wysokość przysługującego zwolnienia z podatku CIT, ustalaną na dzień przyznania pomocy.

Koszty dzierżawy nieruchomości od podmiotu powiązanego, spełniające wymogi kwalifikowalności określone w rozporządzeniu o wsparciu nowych inwestycji, mogą być uznane za koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną, w ramach zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Podatnik, dokonując kalkulacji maksymalnej kwoty zwolnienia podatkowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PDOF, powinien ujmować wydatki inwestycyjne w momencie ich faktycznego poniesienia (kasowo), zważywszy na ścisłą wykładnię zwolnień podatkowych oraz istniejące orzecznictwo.

Dochody z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji, polegającej na zwiększeniu zdolności produkcyjnych istniejącego zakładu, mogą być zwolnione z podatku dochodowego w oparciu o udział tych dochodów w ogólnych wynikach finansowych zakładu, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Momentem poniesienia wydatków kwalifikujących się do objęcia pomocą publiczną jest faktyczna zapłata, określona według metody kasowej, z wyjątkiem zaliczek, które uznaje się za poniesione w momencie, gdy staną się należne dostawcy.

Zwolnienie z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT dotyczy wyłącznie dochodu uzyskanego z realizacji nowej inwestycji, wyodrębnionego zgodnie z kryteriami funkcjonalnymi i ekonomicznymi, a wspólne koszty alokuje się wg klucza przychodowego.

Brak obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek CIT w trakcie roku podatkowego od dochodów prowadzonej działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej, gdyż wartość dostępnego zwolnienia podatkowego przed dniem faktycznego udzielenia pomocy nie jest możliwa do precyzyjnego określenia.

W przypadku posiadania przez przedsiębiorcę dwóch decyzji o wsparciu, każda z decyzji musi być rozliczana w kolejności jej wydania, zgodnie z art. 13 ust. 6 ustawy o wspieraniu nowych inwestycji; przedsiębiorca nie może korzystać z udzielonego wsparcia równolegle dla różnych inwestycji, jeśli obie decyzje dotyczą różnych obszarów technologicznych.