Zmiana statusu przedsiębiorcy po uzyskaniu zezwolenia strefowego lub decyzji o wsparciu nie wpływa na maksymalną intensywność regionalnej pomocy publicznej ani na kwotę zwolnienia podatkowego w CIT. Status przedsiębiorcy ustalany jest na dzień wydania decyzji, co zapewnia stabilność i przewidywalność prawną.

Dochody uzyskane z działalności prowadzonej na terenie i w zakresie wskazanym w decyzjach o wsparciu mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego, mimo niepełnego wykorzystania limitu pomocy publicznej z wcześniejszej decyzji, zgodnie z metodą kasową, pod warunkiem przestrzegania zasad chronologii decyzji, tak jak określono w art. 17 u.p.d.o.p. oraz rozporządzeniu w sprawie nowych inwestycji.

Dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o składniki majątkowe zgodne z zakresem Zezwolenia nr 1 mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, o ile nie zostanie przekroczony ustalony limit pomocy publicznej.

Przychody z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności w ramach umowy faktoringowej oraz związane z nimi koszty uzyskania przychodów należy traktować jako przychody i koszty działalności opodatkowanej, nieujęte w wyniku działalności zwolnionej z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Dochód z działalności gospodarczej prowadzonej w części przy udziale podwykonawców poza obszarem objętym decyzją o wsparciu podlega zwolnieniu z podatku dochodowego, pod warunkiem, że usługi te mają charakter pomocniczy i funkcjonalnie związane są z procesami realizowanymi na obszarze wskazanym w decyzji.

Wydatki inwestycyjne mogą być uznane za kwalifikowane do zwolnienia podatkowego, gdy łącznie z faktycznym poniesieniem dochodzi do zaliczenia środków trwałych do majątku oraz ewidencji, zgodnie z literą prawa podatkowego.

Koszty nowej inwestycji, uzasadnione przed wydaniem decyzji o wsparciu i związane bezpośrednio z realizacją nowej inwestycji, mogą być uznane za kwalifikowane i wolne od opodatkowania dochodowego, pod warunkiem, że dochody wynikają z działalności objętej decyzją o wsparciu. Zwolnienie dotyczy adekwatnych dochodów uzyskanych po poniesieniu takich kosztów.

Koszty poniesione na infrastrukturę okołoprodukcyjną w ramach nowych inwestycji w Specjalnej Strefie Ekonomicznej stanowią kwalifikowane koszty inwestycji, które mogą wpłynąć na zwolnienie podatkowe zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a Ustawy o CIT oraz Rozporządzeniem WNI.

Dla uznania wydatków inwestycyjnych za koszty kwalifikowane w ramach pomocy publicznej zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, wymaga się nie tylko ich poniesienia w ujęciu kasowym, ale także zaliczenia do składników majątku podatnika i ewidencji środków trwałych. Poniesienie kosztów w sposób umożliwiający uzyskanie zwolnienia podatkowego wymaga spełnienia dodatkowych przesłanek przewidzianych

Dochód uzyskany przez podatnika z działalności gospodarczej realizowanej przy użyciu podwykonawców na terenie określonym w decyzji o wsparciu, gdzie zasadnicza część produkcji jest dokonywana przez podwykonawców, nie spełnia warunków do pełnego zwolnienia z opodatkowania CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a.

Dochody z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji, gdzie montaż produktów stanowi integralną część procesu produkcyjnego, mogą korzystać z podatkowego zwolnienia na podstawie decyzji o wsparciu, mimo że montaż wykonywany jest poza określonym terenem wsparcia.

Wartość pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcy na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT kalkulowana jest jako różnica między kwotą podatku należnego bez uwzględnienia zwolnienia podatkowego a kwotą podatku po zwolnieniu, przy czym strata z działalności strefowej nie wpływa na kalkulację wielkości wykorzystanej pomocy publicznej.

Dochody ze sprzedaży świadectw efektywności energetycznej (białych certyfikatów) na giełdzie nie są dochodami z działalności objętej zwolnieniem z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, ponieważ brak jest bezpośredniego związku tych przychodów z działalnością objętą decyzją o wsparciu nowej inwestycji.

Nie jest możliwe uznanie wydatków na maszyny do produkcji nowych komponentów za koszty kwalifikowane nowej inwestycji definiowanej jako zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu; stąd dochód z ich sprzedaży nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Podatnik, którego przychody w danym roku podatkowym były o co najmniej 30% niższe niż w roku poprzednim, nie jest zobowiązany do zapłaty minimalnego podatku dochodowego zgodnie z art. 24ca ust. 14 pkt 3 Ustawy CIT, niezależnie od charakteru (opodatkowane/zolnione) tych przychodów w roku poprzednim.

Moment uzyskania dochodu z nowej inwestycji jako warunek do skorzystania ze zwolnienia podatkowego musi odnosić się do dochodu wygenerowanego przy wsparciu składowych inwestycji, a nie wyłącznie do momentu poniesienia kosztów kwalifikowanych.

Koszty nabycia instalacji fotowoltaicznej jako funkcjonalnej części nowej inwestycji mogą być uznane za koszty kwalifikowane, wpływające na pomoc publiczną w formie zwolnienia podatkowego, pomimo braku bezpośredniego uwzględnienia w decyzji o wsparciu.

Wydatek na nabycie instalacji fotowoltaicznej, jako element zintegrowany z nową inwestycją, stanowi koszt kwalifikowany, wpływając na kalkulację pomocy publicznej zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT, pomimo braku kodu PKWiU związanego z energią w decyzji o wsparciu.

Wydatki na instalację fotowoltaiczną mogą być uznane za koszty kwalifikowane nowej inwestycji, jeżeli mają funkcjonalne powiązanie z inwestycją i wspierają energetyczne cele infrastrukturalne, nawet jeśli nie są bezpośrednio związane z procesem produkcyjnym.

Koszty związane z dodatkowymi czynnościami pomocniczymi, transportem i przechowywaniem wyrobów, mogą być uznane za jedną działalność zwolnioną. Wynagrodzenie z projektów kompleksowych może być częściowo zwolnione przy użyciu proporcji przychodów zwolnionych. Koszty wspólne powinny być alokowane przy użyciu klucza przychodowego.

Wydatki na nabycie nieużywanego towaru handlowego od podmiotu powiązanego, który nie został wprowadzony do ewidencji środków trwałych i spełnia kryteria nowości, stanowią koszty kwalifikowane nowej inwestycji, umożliwiając przedsiębiorcy zwolnienie z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, pod warunkiem nabycia tych aktywów na warunkach rynkowych.

Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT oraz dywersyfikacji produkcji nowa inwestycja uprawnia do zwolnienia z podatku wyłącznie dochody z produktów uprzednio nieprodukowanych, powstałych w wyniku inwestycji objętej decyzją o wsparciu.

Wykonanie przez podwykonawców całego procesu produkcyjnego wyklucza możliwość przypisania wyrobom zwolnienia podatkowego wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy PIT; zwolnienie przysługuje jedynie dochodom uzyskanym z bezpośredniej działalności podatnika na terenie określonym decyzją o wsparciu.

Jeżeli podatnik prowadzi ewidencję rachunkową umożliwiającą precyzyjne określenie dochodu z działalności objętej uchyloną decyzją o wsparciu oraz kwoty niezapłaconego podatku, może zastosować art. 17 ust. 6 pkt 1 lit. b Ustawy CIT przy rozliczeniu podatkowym, niezależnie od posiadania więcej niż jednej decyzji o wsparciu.