Koszt nabycia systemu ERP, stanowiący cenę nabycia wartości niematerialnych związanych z transferem technologii, kwalifikuje się do objęcia wsparciem jako koszt nowej inwestycji, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 lit. d rozporządzenia w sprawie pomocy publicznej.

Podatnik posiada prawo do rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia podatkowego od miesiąca poniesienia kosztów kwalifikowanych inwestycji po uzyskaniu decyzji o wsparciu, niezależnie od oddania środków trwałych do używania; jednakże nie może dowolnie decydować o momencie rozpoczęcia korzystania z tego zwolnienia w ramach jego okresu obowiązywania.

Dochód uzyskiwany z tytułu świadczenia kompleksowego w ramach SSE podlega zwolnieniu z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, natomiast dochód z tytułu sprzedaży złomu nie korzysta z takiego zwolnienia.

Przychody i koszty wynikające z umów faktoringu, związanych z wierzytelnościami z działalności zwolnionej z opodatkowania, przypisuje się do działalności opodatkowanej, ponieważ umowy te nie są integralną częścią działalności objętej wsparciem, co wyklucza ich zwolnienie na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP.

Wydatki na budowę hali, instalacje oraz zagospodarowanie terenu, spełniające kryteria funkcjonalne i formalne określone w przepisach, mogą stanowić koszty kwalifikowane do objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego w ramach wsparcia dla nowych inwestycji zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Spółka przejmująca może kontynuować korzystanie ze zwolnień podatkowych wynikających z decyzji o wsparciu przyznanej uprzednio Spółce przejmowanej, w drodze sukcesji uniwersalnej, zgodnie z art. 492 i 494 KSH oraz art. 93 Ordynacji podatkowej.

W kalkulacji wielkości pomocy publicznej uzyskanej przez spółki w formie zwolnień podatkowych dla działalności strefowej, strata z tej działalności nie może pomniejszać podstawy obliczenia kwoty niezapłaconego podatku, stanowiącego pomoc publiczną. Brak jest przepisów umożliwiających takie pomniejszenie.

Uchylając decyzję o wsparciu, podatnik eliminuje przesłankę uniemożliwiającą wybór ryczałtu od dochodów spółek, pod warunkiem spełnienia dodatkowych wymogów art. 28j ustawy o CIT.

Producent w rozumieniu art. 18eb ustawy o CIT obejmuje podmioty wytwarzające produkty samodzielnie, nawet przy zakupie surowców zewnętrznych, mogące korzystać z ulgi na ekspansję, pod warunkiem przypisania kosztów do działalności opodatkowanej.

Wydatki związane z budową części Hali produkcyjno-logistycznej, które mają bezpośrednie przełożenie na produkcję, stanowią koszty kwalifikowane umożliwiające uzyskanie wsparcia w formie zwolnienia podatkowego, zgodnie z § 8 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów. Wydatki na części pomocnicze, jak aneks kuchenny, nie są kosztami kwalifikowanymi.

Koszty poniesione na niezakończoną inwestycję informatyczną mogą stanowić koszty uzyskania przychodów, gdy są definitywne i celowe. Koszty wspólne powinny być alokowane do działalności opodatkowanej i zwolnionej według proporcji przychodów, zgodnie z art. 15 ust. 2 i 2a ustawy o CIT.

Dochody z działalności inwestycyjnej, których okres realizacji został zakończony zgodnie z decyzją o wsparciu, mogą być objęte zwolnieniem podatkowym od chwili upływu terminu zakończenia inwestycji.

Dochody zwolnione z podatku obejmują te uzyskane z działalności na terenie inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, przy czym nabywanie komponentów od zewnętrznych dostawców nie wpływa na prawo do zwolnienia; jednak czynności produkcyjne poza tym terenem, jak szycie pokrowców, muszą być wydzielone, gdyż nie podlegają zwolnieniu.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu na skutek złożenia wniosku przez przedsiębiorcę powoduje utratę prawa do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT od dnia doręczenia tego wniosku właściwemu organowi, jako że decyzja ma charakter deklaratoryjny i bezprzedmiotowość następuje z dniem złożenia wniosku.

Dochody uzyskane z działalności produkcyjnej prowadzonej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, której częściowy proces odbywa się poza nią, lecz służący celom marginalnym, podlegają zwolnieniu podatkowemu według art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. W ramach rozliczania kosztów wspólnych należy stosować zasadę proporcjonalnego ich podziału względem uzyskanych przychodów strefowych i pozastrefowych.

Dochód uzyskany z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach specjalnej strefy ekonomicznej jest zwolniony z opodatkowania, gdy spełnia warunki określone w decyzji o wsparciu. Koszty transportu, amortyzacyjne oraz wynikające z różnic kursowych i kredytów powinny być przypisane do działalności strefowej, o ile są bezpośrednio związane z nową inwestycją, a ich proporcjonalne rozliczanie opiera się

Podatnik jest uprawniony do korzystania ze zwolnienia z podatku dochodowego, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, począwszy od miesiąca, w którym wykazano pierwszy przychód (dochód) z nowej inwestycji realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu, niezależnie od daty poniesienia pierwszych kosztów kwalifikowanych.

Korekty cen transferowych dotyczące transakcji wewnątrzgrupowych spełniają warunki art. 11e ustawy o CIT, kiedy po zakończeniu okresu wykryto odchylenia od poziomu rynkowego. Zmiany są rozpoznawane w roku pierwotnego ujęcia transakcji i mogą wpływać na dochody zwolnione z CIT w ramach SSE oraz na podstawie decyzji o wsparciu inwestycji.

Wydatki na nabycie nieruchomości kwalifikują się do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, o ile przyczyniają się do zwiększenia zdolności produkcyjnych; wydatki na części socjalno-biurowe nie spełniają tego warunku i nie mogą być uznane za kwalifikowane.

Do momentu zakończenia inwestycji określonego w decyzji o wsparciu, dochody i koszty działalności inwestycyjnej kwalifikują jako opodatkowane, a spółka może korzystać z ulg o ile koszty nie zmniejszają dochodu zwolnionego. Straty przed zakończeniem inwestycji rozlicza się według generalnych reguł CIT.

Zmiana składu wspólników w spółce jawnej nie wpływa na prawo do stosowania zwolnienia podatkowego z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT przez uczestników w proporcji odpowiadającej ich udziałowi w zyskach.

Korekta rentowności dokonana w ramach działalności spółki działającej zarówno w SSE, jak i poza nią, powinna być alokowana proporcjonalnie do udziału przychodów strefowych w całkowitych przychodach spółki, tak, aby uzyskane przychody lub zmniejszone koszty odnosiły się adekwatnie do działalności zwolnionej z podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z udziałem tej działalności w całkowitych przychodach

Podatnik prowadzący działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, objętą zezwoleniem i decyzją o wsparciu, zobowiązany jest do prowadzenia odrębnych ewidencji rachunkowych dla dochodów z każdego z dokumentów, a zwolnienia podatkowe muszą być rozliczane dla każdego źródła oddzielnie.

Dochody z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy ekonomicznej mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego jedynie w zakresie, w jakim są generowane przez nową inwestycję opisano w decyzji o wsparciu, a nie wyłącznie na podstawie poniesienia kosztów kwalifikowanych.