Zmiana statusu przedsiębiorcy ze średniego na dużego w trakcie inwestycji na podstawie wydanej Decyzji o wsparciu nie wpływa na wysokość wskaźnika intensywności pomocy publicznej ani nie ogranicza prawa do kwalifikowania wydatków na używane środki trwałe.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Podatnik, który wykorzystał w pełni przyznany limit pomocy publicznej w ramach decyzji o wsparciu, przestaje osiągać dochody zwolnione z opodatkowania na jej podstawie, o ile decyzja nie wygeneruje nowych dochodów, może w tym samym roku kalendarzowym wybrać Estoński CIT.

Zmiana statusu przedsiębiorcy w toku realizacji inwestycji w Polskiej Strefie Inwestycji, po wydaniu decyzji o wsparciu, nie wpływa na wskaźnik intensywności pomocy publicznej ani wysokość przysługującego zwolnienia z podatku CIT, ustalaną na dzień przyznania pomocy.

Środki uzyskane jako inkasent na mocy Spec Ustawy i przekazywane do Skarbu Państwa nie stanowią przychodu podatkowego na gruncie CIT z uwagi na brak charakteru definitywnego i trwałego wzrostu aktywów Spółki.

Środki pobrane i przekazane przez Spółkę do Zarządcy Rozliczeń w związku z realizacją Obowiązku 1 nie stanowią przychodu podatkowego w rozumieniu art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, z uwagi na brak definitywnego przysporzenia majątkowego dla Podatnika.

Momentem poniesienia wydatków kwalifikujących się do objęcia pomocą publiczną jest faktyczna zapłata, określona według metody kasowej, z wyjątkiem zaliczek, które uznaje się za poniesione w momencie, gdy staną się należne dostawcy.

Zwolnienie z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT dotyczy wyłącznie dochodu uzyskanego z realizacji nowej inwestycji, wyodrębnionego zgodnie z kryteriami funkcjonalnymi i ekonomicznymi, a wspólne koszty alokuje się wg klucza przychodowego.

Spółka pełniąc funkcję udzielającego pomocy publicznej nie działa jako podatnik VAT w odniesieniu do czynności polegających na pobieraniu i przekazywaniu nienależnej pomocy, natomiast dokonując korekt sprzedaży energii elektrycznej zgodnie z Obowiązkiem 2, zobowiązana jest do wystawienia faktur korygujących zmieniających cenę maksymalną na umowną.

Spółka, wykonując czynności w ramach Obowiązku 1, nie działa jako podatnik VAT, a czynności te nie podlegają opodatkowaniu. W kontekście Obowiązku 2 Spółka jest zobowiązana do wystawiania faktur korygujących, jeżeli zmienia się cena stosowana w ramach udzielanej pomocy publicznej.

Środki pieniężne pobierane jako nienależna pomoc publiczna i następnie przekazywane przez Spółkę do Zarządcy Rozliczeń, w procesie realizacji obowiązków wynikających z ustawy o bonie energetycznym, nie stanowią przychodu podatkowego na gruncie art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, z uwagi na brak trwałego przysporzenia majątkowego.

Spółka nie działa jako podatnik VAT przy realizacji Obowiązku 1 (nadzorują funkcje administracyjne), natomiast w ramach Obowiązku 2 musi wystawiać faktury korygujące zmieniające cenę maksymalną na umowną, wpływając tym samym na podstawę opodatkowania VAT.

Spółka realizując obowiązki wynikające z ustawy o bonie energetycznym, polegające na ustalaniu nieuprawnionych beneficjentów pomocy publicznej, funkcjonuje poza zakresem VAT jako podmiot wypełniający funkcję quasi-administracyjną. Jednakże, zmiana cen ustalona w ramach obowiązku korygowania rozliczeń wymaga wystawienia faktur korygujących zgodnie z przepisami ustawy o VAT.

Wykonywanie przez Spółkę czynności związanych z poborem nienależnej pomocy publicznej (Obowiązek 1) nie klasyfikuje jej jako podatnika VAT, a zatem czynności te są poza zakresem opodatkowania VAT. Natomiast działanie w ramach korekty ceny energii elektrycznej (Obowiązek 2) wymaga wystawienia faktury korygującej jako czynności opodatkowanej, mającej wpływ na podstawę opodatkowania VAT.

Środki pieniężne pobierane przez spółkę i przekazywane do Zarządcy Rozliczeń w wyniku realizacji obowiązku związanego z pomocą publiczną nie stanowią przychodu podatkowego w myśl art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, z uwagi na brak definitywnego przysporzenia majątkowego.

Zmiana statusu przedsiębiorstwa z małego na średniego w trakcie realizacji inwestycji w SSE nie wpływa na wysokość przysługującej pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia strefowego, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy CIT. Intensywność pomocy pozostaje niezmienna przez cały okres realizacji inwestycji.

Środki finansowe pobierane przez Podatnika w związku z realizacją obowiązku zwrotu nieuprawnionej pomocy publicznej do Zarządcy Rozliczeń nie stanowią przychodu podatkowego w rozumieniu art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych ze względu na brak definitywnego przysporzenia majątkowego po stronie Podatnika.

Momentem poniesienia wydatków kwalifikujących się do objęcia pomocą publiczną na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o PDOP jest moment faktycznej zapłaty zgodnie z zasadą kasową. Płatności częściowe są uznane za poniesione z chwilą ich faktycznej realizacji, zaś zaliczki w momencie uiszczenia pełnej należności.

Wydatek na nabycie maszyn i urządzeń od podmiotu powiązanego, dokonany po cenie rynkowej, może stanowić koszt kwalifikowany nowej inwestycji w rozumieniu § 8 rozporządzenia ws. pomocy publicznej, na cel zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., pod warunkiem spełnienia przesłanek formalnych i materiałowych określonych w prawie podatkowym.

Wykorzystanie maksymalnej puli pomocy publicznej w trakcie roku nie uprawnia do wyboru Estońskiego CIT w tym samym roku kalendarzowym, jeśli decyzja o wsparciu nie wygasła — możliwość opodatkowania Estońskim CIT następuje dopiero po zakończeniu okresu podatkowego.

Spółka może skorzystać z wyłączenia obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych na podstawie art. 11n pkt 1 Ustawy o CIT dla transakcji dokonanych do 1 stycznia 2026 r., pod warunkiem nieuzyskania dochodów kwalifikowanych. Po tej dacie, posiadanie decyzji o wsparciu skutkuje obligatoryjnością zwolnienia, co wyłącza możliwość skorzystania z powyższego wyłączenia.

Zmiana statusu przedsiębiorcy z średniego na dużego w trakcie realizacji inwestycji w ramach specjalnej strefy ekonomicznej nie wpływa na wysokość przyznanej intensywności pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia.

Koszt nabycia systemu ERP, stanowiący cenę nabycia wartości niematerialnych związanych z transferem technologii, kwalifikuje się do objęcia wsparciem jako koszt nowej inwestycji, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 lit. d rozporządzenia w sprawie pomocy publicznej.

Podatnik prowadzący działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, objętą zezwoleniem i decyzją o wsparciu, zobowiązany jest do prowadzenia odrębnych ewidencji rachunkowych dla dochodów z każdego z dokumentów, a zwolnienia podatkowe muszą być rozliczane dla każdego źródła oddzielnie.