Wniesienie aportem infrastruktury w postaci PSZOK wraz z gruntem do Gminnej Spółki Komunalnej nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, wobec czego podlega opodatkowaniu VAT. Gmina jako czynny podatnik VAT ma prawo do pełnego odliczenia VAT naliczonego przy wydatkach poniesionych na budowę tej infrastruktury jako niewykorzystanych do działalności zwolnionej z VAT

Udział gminy w przychodach z ponownego zagospodarowania odpadów komunalnych stanowi odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu VAT. Gminie nie przysługuje prawo do odliczenia VAT od wydatków na system gospodarowania odpadami, gdyż wydatki te nie mogą być jednoznacznie związane z działalnością opodatkowaną.

Rekompensata otrzymywana przez spółkę z tytułu świadczenia usług PSZOK na rzecz Miasta stanowi element podstawy opodatkowania VAT i powinna być udokumentowana fakturą, co daje prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupów związanych z tym zadaniem.

Przeniesienie kosztów badań UDT powinno być udokumentowane fakturą VAT. Przeniesienie opłat za zajęcie pasa drogowego musi być również dokumentowane fakturą. Koszty związane z opłatami administracyjnymi, znaczkami pocztowymi, gospodarowaniem odpadami i polisami ubezpieczonymi można przenosić notą księgową jako niepodlegające VAT. Zwolnienie z VAT zarządzania nieruchomościami jest możliwe wyłącznie

Gmina, realizująca zadania publiczne w sferze publicznoprawnej, nie ma prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z wydatków niezwiązanych z działalnością opodatkowaną VAT.

Gmina nie ma prawa do odliczenia VAT naliczonego związanego z usunięciem nielegalnie zgromadzonych odpadów, gdyż działa jako organ władzy publicznej w realizacji zadań własnych, które nie są opodatkowane.

Opłata pobierana przez gminę za dodatkowe usługi odbierania odpadów komunalnych, jako danina publiczna wynikająca z realizacji zadań własnych gminy, nie stanowi podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług.

Najem lokalu mieszkalnego wraz z odbiorem odpadów komunalnych stanowi jedno świadczenie kompleksowe, zwolnione od VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT. Natomiast dostawa wody, odbiór ścieków i ogrzewanie są odrębnymi świadczeniami, podlegającymi odrębnemu opodatkowaniu.

Wydatki na kary umowne związane z bieżącą działalnością gospodarczą, mimo sankcyjnego charakteru, mogą nie być uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, o ile wykazują związek z prowadzoną działalnością. Kary pieniężne nakładane w trybie administracyjnym, wskazujące na zaniedbania, mogą być traktowane jako wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają opodatkowaniu ryczałtem

Nieodpłatne przekazanie środka otrzymywanego z osadów ściekowych rolnikom przez gminę podlega opodatkowaniu VAT, jednak brak wartości środka dla gminy skutkuje brakiem obowiązku zapłaty podatku.

W przypadku usług odbioru odpadów komunalnych przychód podatkowy w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych powstaje zgodnie z art. 12 ust. 3c ustawy CIT, tj. w ostatni dzień przyjętego okresu rozliczeniowego, bez względu na moment wystawienia faktury.

Realizacja inwestycji w postaci punktu selektywnej zbiórki odpadów komunalnych przez Gminę nie stanowi czynności opodatkowanej VAT, a brak związku funkcjonalnego z działalnością opodatkowaną wyklucza prawo do odliczenia podatku naliczonego.

Przepisy ustawy o VAT wykluczają prawo do odliczenia podatku naliczonego przez gminy w odniesieniu do wydatków ponoszonych na realizację zadań własnych niepowiązanych z czynnościami opodatkowanymi, jako że nie działają one w charakterze podatnika podatku od towarów i usług w tym zakresie.

Gmina realizując zadania własne związane z usuwaniem odpadów niebezpiecznych w trybie publicznoprawnym, nie działa jako podatnik VAT, tym samym nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na te działania.

Obciążenie najemców przez spółkę opłatą za śmieci stanowi integralny element usługi najmu i podlega opodatkowaniu według stawki właściwej dla usługi najmu. Usługa wynajmu lokali mieszkalnych na cele mieszkaniowe korzysta ze zwolnienia VAT w odniesieniu do osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej, lecz nie w przypadku podmiotów gospodarczych.

Kary umowne naliczane Spółce za niezgodność parametrów paliwa zastępczego z umownymi, są zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, gdyż nie wynikają z wad dostarczonych towarów, lecz z działalności zagospodarowania odpadów, i mają związek przyczynowy z generowaniem przychodów (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT).

Jednostki samorządu terytorialnego, realizując zadania wynikające z prawa publicznego, nie nabywają prawa do odliczenia VAT naliczonego na podstawie faktur dokumentujących wydatki związane z działaniami nieobjętymi VAT, jako że nie działają w charakterze podatnika VAT.

Gmina realizująca zadania ze sfery zadań publicznych, wykorzystująca infrastrukturę wyłącznie do czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT, nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego ani jego zwrotu. Takie podmioty są wyłączone spod działania przepisów o podatnikach VAT według art. 15 ust. 6 ustawy o VAT.

Miasto jest uprawnione do częściowego odliczenia VAT naliczonego z tytułu wydatków związanych z budową Punktu Selektywnej Zbiórki Odpadów, w zakresie w jakim działalność dotyczy opodatkowanego świadczenia usług na rzecz innej gminy, zgodnie z art. 86 ust. 2a-2h ustawy o VAT.

Realizacja zadań przez Gminę w ramach zadań publicznych, takich jak usuwanie niebezpiecznych odpadów, nie podlega opodatkowaniu VAT. Otrzymane dofinansowanie nie zwiększa podstawy opodatkowania, a Gmina nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż działania nie stanowią działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT.

Odsprzedaż opłat eksploatacyjnych w formie mediów, jako niezależne świadczenia od usługi najmu, podlega wliczeniu do limitu zwolnienia podmiotowego z VAT. Nieobjęcie ich tym limitem stanowi naruszenie przepisów art. 113 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług.

Koszty centralnego ogrzewania i związane media mogą korzystać ze zwolnienia z VAT jako odrębne świadczenia. Natomiast opłaty eksploatacyjne oraz wynagrodzenie zarządcy są częścią kompleksowej usługi najmu zwolnionej z VAT. Opłaty takie jak wywóz nieczystości i najem garażu nie korzystają z tego zwolnienia.