Podatnik może skorzystać z ulgi badawczo-rozwojowej (ulga B+R) co do tworzonych lub rozwijanych programów komputerowych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej spółki, wzlędem których korzysta również z ulgi IP BOX. Przy tym koszty kwalifikowane ulgi B+R, które zostaną uwzględnione jako koszt w celu ustalenia dochodu z IP BOX, nie mogą zostać odliczone w ramach ulgi B+R od dochodu ustalonego