Zastosowanie 50% kosztów uzyskania do przychodów z tytułu praw autorskich, również w ramach stosunku pracy, stanowi istotną formę optymalizacji podatkowej dla pracowników wykonujących działalność twórczą. Praktyka pokazuje jednak, że zarówno warunki formalne, jak i materialne, umożliwiające zastosowanie tej preferencji, stwarzają wątpliwości po stronie pracodawców i samych twórców.

Podatnik może skorzystać z ulgi badawczo-rozwojowej (ulga B+R) co do tworzonych lub rozwijanych programów komputerowych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej spółki, wzlędem których korzysta również z ulgi IP BOX. Przy tym koszty kwalifikowane ulgi B+R, które zostaną uwzględnione jako koszt w celu ustalenia dochodu z IP BOX, nie mogą zostać odliczone w ramach ulgi B+R od dochodu ustalonego