Badanie ksiąg podatkowych może być dokonane zarówno w toku kontroli podatkowej (art. 286 § 1 pkt 4 O.p.), jak i w postępowaniu podatkowym. W tym ostatnim postępowaniu badanie ksiąg, gdy organ stwierdzi ich wadliwość bądź nierzetelność, musi być udokumentowane protokołem badania ksiąg (art. 193 § 6 O.p.). Dowód z ksiąg stanowi bowiem jeden z istotnych dowodów w postępowaniu podatkowym i zakwestionowanie