Zbycie nieruchomości w ramach transakcji nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a zatem podlega opodatkowaniu VAT jako dostawa towarów. Strony transakcji mogą zrezygnować ze zwolnienia i opodatkować transakcję według odpowiedniej stawki VAT, zgodnie z art. 43 ust. 10 ustawy o VAT.

Obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia przez Wnioskodawczynię usługi najmu powstaje z chwilą wystawienia faktury za te usługi oraz za opłaty eksploatacyjne. Otrzymane zaliczki na poczet czynszu nie wpływają na moment powstania obowiązku podatkowego.

Osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą w Polsce, lecz posiadająca miejsce zamieszkania i rezydencję podatkową w innym kraju, nie spełnia warunku posiadania siedziby działalności na terytorium Polski, co uniemożliwia korzystanie ze zwolnienia podmiotowego z podatku VAT.

NSA uchylając wyrok i postanowienie, podkreślił konieczność istnienia obiektywnych przesłanek do przedłużenia zwrotu VAT, zakwestionował pełne wstrzymywanie zwrotu bez wyraźnego oparcia o wątpliwości uzasadniające takie działanie.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT musi być dobrze uzasadnione i ograniczone do kwot budzących wątpliwości, zakwestionowanie całości deklarowanej kwoty było nieuzasadnione i naruszało prawo materialne, co skutkowało uchyleniem zaskarżonego orzeczenia.

Zgodność z prawem przedłużenia terminu zwrotu VAT wymaga dokładnego uzasadnienia i może dotyczyć jedynie kwoty rzeczywiście spornej; w innych przypadkach przedłużenie jest nieuzasadnione.

Przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT wymaga wskazania istotnych wątpliwości uzasadniających weryfikację zasadności zwrotu. Naruszenie tej zasady przez organ podatkowy może skutkować uchyleniem postanowienia o przedłużeniu zwrotu.

Podatnik mający miejsce zamieszkania na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej podlega nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu od całości swoich dochodów zgodnie z polskimi przepisami, nawet jeśli działalność gospodarcza jest prowadzona w innym kraju, jeżeli nie dochodzi do powstania zakładu w tym innym kraju.