Nadpłata podatku podlega z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości i bieżących zobowiązań podatkowych, a zwrot nadpłaty jest możliwy wyłącznie po weryfikacji przez organ podatkowy braku ciążących na podatniku długów podatkowych – weryfikacja ta stanowi rachunkowo-techniczną czynność odzwierciedloną w postanowieniu administracyjnym, które formalizuje kompensatę wzajemnych wierzytelności.

Organ podatkowy, obowiązany do wydania zaświadczenia na podstawie art. 109 ust. 2a ustawy o podatku akcyzowym, ma obowiązek dokonać klasyfikacji taryfowej oraz statystycznej pojazdu, a wydanie zaświadczenia może nastąpić wyłącznie po dokonaniu oceny, czy wewnątrzwspólnotowe nabycie pojazdu podlega obowiązkowi podatkowemu w podatku akcyzowym. Przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego przez organ podatkowy