W kontekście zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych, organ podatkowy działając z urzędu zalicza nadpłatę na poczet zaległości podatkowych z mocy prawa i niezależnie od uznania organu podatkowego lub dyspozycji podatnika, przy czym przed zwrotem nadpłaty organ podatkowy powinien zweryfikować stan zaległych i bieżących zobowiązań, a w przypadku ich istnienia, zaliczyć zwrot na poczet tych
W świetle przepisów Ordynacji podatkowej, zaliczenie nadpłaty podatku na poczet zaległości podatkowych następuje z mocy prawa i nie zależy ani od uznania organu podatkowego, ani od dyspozycji podatnika, a postanowienie w tej sprawie ma charakter formalny i potwierdza wykonanie czynności rachunkowo-technicznej.
Sprostowanie oczywistej omyłki w treści decyzji podatkowej, na mocy art. 215 § 1 Ordynacji podatkowej, nie może prowadzić do istotnej zmiany merytorycznej rozstrzygnięcia, przekształcającej nadwyżkę podatku VAT w zobowiązanie podatkowe, gdyż takie działanie wykracza poza zakres korekty błędu oczywistego i wpływa na prawa i obowiązki podatnika w sposób zasadniczy.
Skarga na przewlekłość postępowania jest zasadna i podlega uwzględnieniu, jeżeli organ administracyjny nie załatwia sprawy w określonym terminie prawnie lub wyznaczonym przez SKO, a podejmowane przez niego czynności w celu wyjaśnienia wątpliwości są zbędne i nieefektywne, co skutkuje rażącym naruszeniem prawa.