Dla opodatkowania VAT nie jest w zasadzie tak istotna nielegalność danej transakcji, lecz ocena jak taka transakcja rzutuje na realizację zasady neutralności VAT w aspekcie konkurencyjności.
Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.
W postępowaniu interpretacyjnym nie będą miały zastosowania przepisy i definicje strony administracyjnego postępowania podatkowego zawarte w przepisach art. 133 i art. 133a (rozdziału 3 działu IV) O.p., których unormowanie art. 14 h O.p. do postępowania "interpretacyjnego" nie wprowadza.
Zarówno z przepisów Ordynacji podatkowej, jak i u.p.d.o.f. nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania kosztów uzyskania przychodów w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych. To podatnik jest zobowiązany posiadać, względnie wskazać przekonywujące dowody pozwalające na ustalenia świadczące o poniesieniu
Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.
Decyzja ostateczna według art. 16 k.p.a., również przed nowelizacją tego przepisu w 2010 r. mogła oznaczać decyzję nadzorczą wydaną na skutek rozpoznania wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, a wtedy termin przedawnienia roszczenia przewidziany przez art. 160 § 6 k.p.a., mający zastosowanie w okolicznościach sprawy rozpoczynał swój bieg od dnia wydania tej decyzji.