W przypadku stwierdzenia, że w sprawie występuje jedna z przesłanek określonych w art. 67a § 1 Ordynacji podatkowej, organ w sposób uznaniowy, lecz nie dowolny, podejmuje decyzję o wyborze alternatywy - czy przyznać podatnikowi ulgę w spłacie zobowiązań podatkowych, czy też nie. W ten sposób wyznaczone są niejako dwie fazy postępowania podatkowego, prowadzonego w przedmiocie ulgi w spłacie zaległości

Zasadność twierdzenia, że organ podatkowy naruszył zasadę swobodnej oceny dowodów wyrażoną w art. 191 Ordynacji podatkowej, wymaga wykazania, że uchybił on zasadom logicznego rozumowania, wiedzy lub doświadczenia życiowego. Nie jest natomiast wystarczające przekonanie strony o innej, niż przyjął organ, wadze poszczególnych dowodów i ich odmiennej ocenie niż ocena dokonana przez organ.

Wszczęcie postępowania karnego skarbowego na krótko przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, bez rzeczywistego gromadzenia dowodów w celu wykazania przestępstwa, może być uznane za działanie instrumentalne, niewpływające na skuteczne zawieszenie biegu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.