W celu odmowy odliczenia podatku naliczonego z faktur, które nie dokumentują rzeczywistych transakcji, organy podatkowe muszą jednoznacznie wykazać, czy podatnik działał świadomie w oszukańczych transakcjach, czy też zaniechał dochowania należytej staranności, co stanowi podstawę do przypisania mu braku dobrej wiary.

W przypadku nadpłaty podatkowej wynikającej z niezgodności przepisów krajowych z prawem UE, organ podatkowy zobowiązany jest do uwzględnienia wykładni prawa unijnego dokonanej przez TSUE przy rozpoznawaniu wniosków o stwierdzenie nadpłaty; brak działań państwa w kierunku dostosowania prawa krajowego do regulacji UE nie może obciążać podatnika.

Przepisy prawa podatkowego i ustawy o wspieraniu nowych inwestycji nie wymagają prowadzenia przez przedsiębiorcę odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i decyzji o wsparciu, a pomoc publiczną należy wykorzystywać sekwencyjnie według kolejności wydania zezwoleń i decyzji, co umożliwia prowadzenie jednej łącznej ewidencji dla różnych rodzajów zezwoleń i wsparcia

Czynności sprawdzające obejmują nie tylko analizę formalną dokumentów, ale również ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami, zgodnie z art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy jest uprawniony do żądania od podatnika przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień w ramach postępowania sprawdzającego.