Tylko formalne wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie pozbawia nabytego prawa do zwrotu nadwyżki podatku, jeśli materialne warunki były spełnione. NSA podtrzymał, że brak rejestracji VAT nie może ograniczać prawa do odliczeń.

Wykreślenie podatnika z rejestru VAT nie pozbawia go prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeśli spełnione są materialne warunki tego prawa. Odmowa zwrotu VAT w takiej sytuacji może nastąpić w drodze decyzji administracyjnej, mimo braku bezpośredniego przepisu.

Gmina M., realizując projekt z dofinansowaniem publicznym, nie prowadzi działalności gospodarczej, a dotacja nie stanowi podstawy opodatkowania VAT. Interpretacja indywidualna została uchylona w całości w celu zgodnego z prawem unijnym rozstrzygnięcia w ponownym postępowaniu.

Niedopuszczalne jest wydanie decyzji administracyjnej odmowy zwrotu nadwyżki VAT, gdyż brak konkretnej podstawy prawnej. Organ podatkowy winien wszcząć postępowanie podatkowe celem zbadania podstaw faktycznych do zwrotu w związku z art. 99 ust. 12 u.p.t.u.

Postępowanie karnoskarbowe mające na celu ustalenie faktu przestępstwa podatkowego, wszczęte przed upływem terminu przedawnienia, nie było instrumentalne, a faktury nie dokumentujące rzeczywistych usług nie mogą podstawą do obniżenia podatku naliczonego.

Przywrócenie zarejestrowania podatnika jako podatnika VAT czynnego na podstawie art. 96 ust. 9j ustawy o VAT wymaga wykazania, że prowadzone przez niego działania nie były realizowane z zamiarem wykorzystania działalności banków lub spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych do celów mających związek z wyłudzeniami skarbowymi, albo ujawnienia innych okoliczności lub dowodów wskazujących na brak