Nadpłata najpierw musi powstać, następnie musi upłynąć termin jej zwrotu, po czym licząc od końca roku, w którym upłynął termin jej zwrotu, rozpoczyna bieg pięcioletni termin, po upływie którego wygasa prawo do zwrotu nadpłaty. Skutkiem upływu tego terminu jest wygaśnięcie prawa podatnika do domagania się zwrotu nadpłaty, a także zaliczenia na poczet zaległości oraz bieżących i przyszłych zobowiązań