Art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej pozwala organowi podatkowemu zaliczać wpłaty dokonane przez podatnika na poczet zaległości podatkowych w przypadku ich posiadania, zgodnie z wskazaniem najwcześniejszego terminu płatności, przy zachowaniu możliwości wyboru rodzaju podatku przez podatnika.

Gminie przysługuje częściowe prawo do odliczenia VAT naliczonego od wydatków na budowę infrastruktury przystankowej. Działanie w sferze imperium wyłącza pełne odliczenie; należy stosować przepisy dotyczące proporcjonalnego odliczenia.

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna M.G. jest bezzasadna. Sąd potwierdził, że zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych było prawidłowe, a transakcja dokumentowana fakturą VAT miała charakter fikcyjny, co uzasadniało odmowę odliczenia podatku naliczonego.

Jeżeli podatnik posiada zaległości podatkowe, dokonana wpłata powinna być zaliczona na poczet zaległości o najwcześniejszym terminie płatności, a możliwości dyspozycyjne podatnika w zakresie wskazania tej wpłaty są ograniczone do wyboru rodzaju podatku, nie okresów rozliczeniowych.

Z chwilą wydania decyzji wymiarowej, kończącej postępowanie weryfikacyjne, organ traci uprawnienie do dalszego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki VAT, nawet po jej uchyleniu przez organ drugiej instancji.