Członek zarządu spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, o którym mowa w art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej może również po zakończeniu pełnienia tej funkcji, uwolnić się od odpowiedzialności za zaległości podatkowe powstałe w tym czasie, jeżeli wykaże w postępowaniu podatkowym, że w okresie pełnienia przez niego funkcji członka zarządu nie było podstaw do zgłoszenia wniosku o ogłoszenie upadłości lub

Organ podatkowy, przez swoje działanie lub zaniechanie, może przyczynić się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji dotyczącej zobowiązania podatkowego, nawet jeśli jest to przedawnienie. W takich przypadkach skarżącemu przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od dnia dokonania wpłaty do dnia jej zwrotu, niezależnie od obiektywnego charakteru przesłanki przedawnienia.

W sytuacji, gdy transakcje dokumentowane fakturami VAT nie mają odzwierciedlenia w rzeczywistej działalności gospodarczej podatnika, a wszelkie okoliczności faktyczne wskazują na ich fikcyjny charakter, podatnik nie nabywa prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z tych faktur, zgodnie z art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o podatku od towarów i usług.

Nie można chronić przed konsekwencjami prawnymi wynikającymi z naruszenia przepisów o VAT podatnika, który nie dochował należytej staranności i świadomie uczestniczył w transakcji stanowiącej element oszustwa podatkowego, nawet jeśli formalnie warunki do zastosowania preferencyjnej stawki VAT wydają się być spełnione.