Zasada skuteczności oraz lojalnej współpracy zawarta w art. 4 ust. 3 TUE stoi na przeszkodzie, aby przepisy krajowe ograniczały oprocentowanie nadpłaty podatku należnego podatnikowi do określonej daty publikacji wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE, który stwierdza sprzeczność rozpatrywanego opodatkowania z prawem Unii.

Wydatki poniesione przez podatnika w ramach działań optymalizacji podatkowej mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, jeżeli są rzeczywiście powiązane z prowadzoną działalnością operacyjną i mają realny wpływ na uzyskanie przychodów, zachowanie albo zabezpieczenie źródła przychodów.

Odsetki od kredytu zaciągniętego na zakup akcji, które służą zwiększeniu przychodów z różnych źródeł działalności, mogą być alokowane proporcjonalnie jako koszty pośrednie do przychodów w ramach obu źródeł, zarówno z zysków kapitałowych, jak i innych źródeł przychodów, zgodnie z celami nabycia akcji spółki zależnej i zasadami wynikającymi z art. 15 ust. 2b ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych

W sytuacji, gdy deklaracja podatkowa zawiera błędy wynikające z niewłaściwego zrozumienia obowiązujących przepisów podatkowych przez podatnika, nie ma ona charakteru oświadczenia woli podlegającego uchyleniu z powodu błędu, a roszczenia dotyczące nadpłaty podatku dochodowego od osób fizycznych mogą ulec przedawnieniu, skutkując odmową wszczęcia postępowania podatkowego.