W transakcjach łańcuchowych, transport towarów przypisuje się jednej dostawie w celu ustalenia jej jako wewnątrzwspólnotowej. Błędne przyporządkowanie przez podatnika przesądza o potrzebie opodatkowania krajową stawką VAT.

Brak spełnienia przesłanek uznania dostaw za wewnątrzwspólnotowe uniemożliwia zastosowanie stawki VAT 0%. Weryfikacja transportu towarów w ramach transakcji łańcuchowych przesądza o charakterze dostaw jako krajowych.

Uznaje się, że decyzja organu podatkowego o odmowie prawa do odliczenia VAT jest nieważna, gdy nie wykazano świadomego udziału podatnika w oszustwie oraz prawidłowo stosowano procedurę Tax Free. Skargę kasacyjną oddalono jako niezasadną.

Postanowienie administracyjne może być uchylone, jeśli okaże się, że decyzja organu podatkowego była podjęta instrumentalnie, lecz brak szczegółowego wyjaśnienia instrumentalności w decyzji nie zawsze prowadzi do jej uchylenia. Sąd winien badać akta sprawy dla oceny rzeczywistego charakteru postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny, uchylając wyrok WSA w Krakowie, podkreślił konieczność oceny należytej staranności podatnika w kontekście całokształtu materiału dowodowego i faktycznych okoliczności transakcji, poddając wyrok WSA ponownej analizie.

Faktury dokumentujące fikcyjne usługi nie mogą stanowić podstawy do odliczenia podatku naliczonego, w świetle art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 ustawy o VAT oraz Dyrektywy 112/WE.

Wszczęcie postępowania karnoskarbowego celem zawieszenia terminu przedawnienia musi mieć realny charakter, a jego instrumentalne wykorzystanie stanowi naruszenie prawa.

Zawiadomienie o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, złożone przez niewłaściwy organ, nie narusza prawa i realizuje materialny skutek, jeśli podatnik został poinformowany o fakcie i przyczynach zawieszenia.

Instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie wywołuje skutku zawieszenia przedawnienia zobowiązań podatkowych; w przypadku istotnych wątpliwości, organ podatkowy winien je wyjaśnić w uzasadnieniu decyzji.