Przesłanką dokonania zabezpieczenia, o którym mowa w art. 33 § 1 Ordynacji podatkowej, jest uzasadniona obawa, że zobowiązanie nie zostanie wykonane. Podstawowym celem takiego zabezpieczenia jest ochrona przyszłych interesów wierzyciela publicznoprawnego oraz umożliwienie późniejszego skutecznego wyegzekwowania zobowiązań podatkowych.

W świetle art. 9 ust. 1b ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, podatnik ma prawo oczekiwać od organu podatkowego oceny, czy zastosowane przez niego mechanizmy ewidencjonowania i wyodrębnienia kosztów działalności badawczo-rozwojowej są wystarczające do spełnienia wymogów ustawowych dotyczących korzystania z ulgi podatkowej na działalność B+R.