Skoro agencja realizuje projekty unijne i dostaje w związku z tym dotacje stanowiące jedynie zwrot kosztów, to nie realizuje w tym zakresie odpłatnej działalności gospodarczej. W konsekwencji może odliczać tylko część VAT od zakupów.

W związku z brzmieniem art. 400 ust 8 Prawa wodnego operat wodnoprawny nie może być uznany za dowód jedyny lub zwalniający orzekające organy z obowiązku szczegółowego wyznaczenia dalszych okoliczności faktycznych lub dowodów, które muszą zostać ustalone lub przedłożone przez stronę ubiegającą się o udzielenie pozwolenia wodnoprawnego.