Sporządzony protokół z kontroli jest podstawowym dowodem na okoliczność zgodności z warunkami przyznania pomocy. O wadze tego dowodu świadczy fakt, że kontrole mogą być przeprowadzane tylko przez wyspecjalizowane podmioty. Dowodom w postaci raportu z czynności kontrolnych z racji przeprowadzenia kontroli sporządzonym przez podmioty dysponujące odpowiednimi warunkami organizacyjnymi, kadrowymi i technicznymi

Przedmiotem postępowania zwykłego jest sprawa administracyjna materialna, zaś przedmiotem postępowania nadzwyczajnego jest sprawa administracyjna procesowa. Niewątpliwie sprawy prowadzone w trybie nadzwyczajnym i wydawane w ich następstwie rozstrzygnięcia są bezpośrednio powiązane ze sprawą materialną, ponieważ przesądzają o obowiązywaniu w obiegu prawnym decyzji rozstrzygającej sprawę administracyjną

Wadliwość uzasadnienia może stanowić usprawiedliwioną podstawę kasacyjną naruszenia przepisów postępowania, gdy uzasadnienie nie pozwala na kasacyjną kontrolę orzeczenia. W takim wypadku wadliwość uzasadnienia może być uznana za naruszenie przepisów postępowania które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku, zadaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego pozwala na kasacyjną

Z uwagi na niepełną ocenę materiału dowodowego i ogólnikowe uzasadnienie w zakresie ustalenia daty realizacji obiektu, uniemożliwiające kontrolę instancyjną zaskarżonego wyroku, należy uznać, że naruszone zostały powołane w skardze kasacyjnej przepisy postępowania mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Początkowo w większości orzeczeń rygorystycznie przyjmowano, że oświadczenie, aby mogło być podstawą stosowania preferencyjnej stawki podatku akcyzowego, musiało zawierać wszystkie dane wymagane przepisami prawa, a zarazem musiało być rzetelne, tj. zawierać dane zgodne z rzeczywistością. Następnie w orzecznictwie pojawiły się poglądy, że braki w oświadczeniach nie zawsze muszą wykluczać obniżenie stawki

Postępowanie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym wszczęte skargą kasacyjną nie polega na ponownym rozpoznaniu sprawy w jej całokształcie, lecz na odniesieniu się do poszczególnych zarzutów, składających się na podstawy kasacyjne i wyznaczających zakres badania sprawy przez Sąd drugiej instancji. Zasada związania podstawami skargi kasacyjnej oznacza tym samym wymóg prawidłowego ich określenia.

Interpretacja pojęcia "inne procedury obowiązujące przy wykorzystaniu środków" musi uwzględniać zarówno potoczne rozumienie wyrazu "procedura", jak i sposób uregulowania w prawie krajowym wdrażania programów operacyjnych. Słowem "procedura" określa się zazwyczaj normowany przepisami lub zwyczajami sposób prowadzenia lub załatwienia jakiejś sprawy. Pod pojęciem "inne procedury obowiązujące przy wykorzystaniu

Sformułowanie zarzutów skargi kasacyjnej wskazuje również, iż zmierzają one do podważenia ustaleń stanu faktycznego, natomiast w drodze podnoszenia zarzutów dotyczących naruszenia prawa materialnego nie można podważać ewentualnych wadliwości w zakresie ustalenia stanu faktycznego sprawy.

Z kolei zarzut kasacyjny wadliwego sporządzenia uzasadnienia wyroku może stanowić usprawiedliwioną podstawę kasacyjną gdy jest ono sporządzone w taki sposób, że nie jest możliwa kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku, w szczególności gdy nie ma możliwości jednoznacznej rekonstrukcji podstawy rozstrzygnięcia, tj. gdy jest ono lakoniczne i ogólnikowe.

Potwierdzeniem na gruncie judykatury krajowej jest wyrok NSA, w którym Sąd stwierdził, że sądy krajowe wykonując swoje obowiązki uprawnione są do pominięcia krajowych przepisów proceduralnych ograniczających uprawnienia przyznane im z mocy prawa unijnego.