Dokonywanie ustaleń faktycznych w pierwszym rzędzie wymaga rozważenia, jakie fakty mają w sprawie znaczenie. O tym decyduje zaś prawidłowo interpretowana norma prawa materialnego. Z kolei zarzuty dotyczące niewłaściwego zastosowania prawa materialnego mogą być oceniane przez Naczelny Sąd Administracyjny wówczas, gdy stan faktyczny stanowiący podstawę wyroku został ustalony w sposób prawidłowy.

W orzecznictwie i piśmiennictwie przyjmuje się, że dokonywana przez organ ocena dowodów odbywa się w ramach swobodnej ich oceny. Zasada swobodnej oceny dowodów jest jednym z koniecznych środków zapewniających podjęcie przez organ podatkowy rozstrzygnięcia zgodnie z rzeczywistym stanem rzeczy (prawdą obiektywną). Z zasady tej wynika, że organ przy ocenie stanu faktycznego nie jest skrępowany żadnymi

W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego ukształtował się pogląd, że w procedurze sądowoadministracyjnej nie ma przepisu, który umożliwiałby zaskarżenie wyłącznie uzasadnienia orzeczenia lub jego części, zaś art. 176 p.p.s.a. stanowi jedynie o możliwości uchylenia lub zmiany orzeczenia, a nie samego uzasadnienia.