O naruszeniu przepisu art. 106 § 3 p.p.s.a. przez sąd administracyjny można mówić wówczas, gdy sąd dopuścił z urzędu lub na wniosek strony dowód z dokumentu i prowadził w tym zakresie postępowanie dowodowe, o ile jednocześnie skarżący wykaże, że zastosowane przez sąd administracyjny kryteria oceny wiarygodności dopuszczonych dowodów były oczywiście błędne i nie pozostawały bez wpływu na wynik sprawy

Skoro przepisy prawa materialnego kładą nacisk na to, iż powstanie prawa do odliczenia podatku naliczonego wiąże się z nabyciem towaru/usługi od podmiotu wystawiającego z tytułu takiego zdarzenia gospodarczego fakturę, a nie z posiadaniem samej faktury, podatnik z takiego odliczenia korzystający nie może tego czynić w oderwaniu od takiego nabycia.

Przepis art. 20 ust. 3 u.p.d.o.f. - w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 1998r. do 31 grudnia 2006 r. - oceniony został jako niekonstytucyjny, a więc nie może zostać uznany za zgodną z prawem podstawę rozstrzygnięcia spraw podatkowych oraz podstawę ich kontroli przez sądy administracyjne; ponadto nie może stanowić podstawy prawnej wszczynania i kontynuowania postępowań podatkowych.