Stosowanie Nomenklatury Scalonej dla potrzeb zidentyfikowania towarów lub usług, wobec których może być zastosowana stawka obniżona nie jest obowiązkowe, gdyż w art. 98 ust. 3 Dyrektywy 2006/112/WE wyraźnie wskazano jedynie na taką możliwość (użyto słowa "może"), a to wyklucza obowiązek stosowania Nomenklatury Scalonej. Jednak sam fakt, iż państwo członkowskie nie musi stosować Nomenklatury Scalonej

Zobowiązanie podatkowe w wysokości odmiennej od wykazanej w deklaracji wymaga decyzji organu podatkowego; wielkość zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa może zostać określona jedynie przez organ administracji, jakim jest organ skarbowy, w ramach postępowania podatkowego będącego postępowaniem administracyjnym, a rozstrzygnięcie sędziego – komisarza w postępowaniu upadłościowym nie może zastąpić