Złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania podatkowego, którego ramy zakreśla żądanie wniosku. Organ podatkowy w postępowaniu toczącym się na wniosek nie tylko nie ma obowiązku, ale też i prawa do określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p.