W niektórych sytuacjach, mimo że dana transakcja została dokonana w celach oszustwa, podatnik nieświadomy, że bierze udział w oszustwie, będzie mógł zachować prawo do odliczenia podatku naliczonego z nierzetelnych faktur. Zakwestionowanie prawa do odliczenia musi w takiej sytuacji poprzedzać stosowne postępowanie dowodowe, którego celem jest ustalenie, czy podatnik odliczający podatek naliczony wiedział

O ile z przepisów Ordynacji podatkowej wynika, że to na organach podatkowych spoczywa obowiązek dowodzenia określonych faktów, w tym zgromadzenia i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego, to jednak nie zwalnia to strony od współudziału w realizacji tego obowiązku.

Nietrafne jest stanowisko, że wadliwość faktury, polegająca na wskazaniu w niej jako sprzedawcy osoby, która tym sprzedawcą nie była, ma znaczenie tylko przy określaniu zobowiązania w podatku od towarów i usług, nie ma zaś znaczenia w przypadku ustalania podstawy opodatkowania w podatku dochodowym. Także zaliczenie kosztów do kosztów uzyskania przychodów wymaga właściwego udokumentowania przez podatnika

Unormowanie, zgodnie z którym obowiązek podatkowy powstaje najpóźniej z upływem 30 dni od dnia wykonania usługi, o ile wcześniej nie nastąpi zapłata, jest niezgodne z dyrektywą VAT. Takie sformułowanie przepisu oznacza bowiem połączenie brzmienia art. 66 lit. b) tej dyrektywy z okresem czasu, po upływie którego podatek staje się wymagalny.

Przepis art. 141 § 4 P.p.s.a. może jednak stanowić samodzielną podstawę kasacyjną, jeżeli uzasadnienie orzeczenia wojewódzkiego sądu administracyjnego nie zawiera stanowiska co do stanu faktycznego, przyjętego za podstawę zaskarżonego rozstrzygnięcia.