Wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, z którym związane są skutki podatkowe muszą mieć charakter obiektywny i wynikać z dokonanych ustaleń faktycznych.

Urzędnicy, badając rzetelność prowadzonych przez przedsiębiorcę ksiąg podatkowych, nie muszą dokumentować ustaleń w odrębnym protokole. Wystarczy, że zrobią to w ogólnym protokole kontroli.

Jeżeli podmiot gospodarczy podjął wszelkie działania, jakich można od niego w sposób uzasadniony oczekiwać, w celu upewnienia się, że transakcje, w których uczestniczy nie wiążą się z przestępstwem, czy to w zakresie podatku VAT, czy w innej dziedzinie, może on domniemywać legalności tych transakcji bez ryzyka utraty prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT. Nie jest przy tym sprzeczne z prawem

Z pojęciem "wydatków poniesionych na zakup" nie można utożsamiać wydatków poniesionych na remont i modernizację nieruchomości.