Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

Dla opodatkowania VAT nie jest w zasadzie tak istotna nielegalność danej transakcji, lecz ocena jak taka transakcja rzutuje na realizację zasady neutralności VAT w aspekcie konkurencyjności.

Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.

Zgodnie z treścią art. 13 ust. 3 ustawy z dnia 28 lipca 1983 r. o podatku od spadków i darowizn (t.j. Dz. U. z 2009 r., nr 93, poz. 768 ze zm.) roczną wartość służebności jako podstawę opodatkowania stanowi 4 % wartości całej nieruchomości obciążonej, a nie jest ona ograniczona tylko do zakresu, w jakim uprawniony korzysta z nieruchomości obciążonej.