Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

W postępowaniu interpretacyjnym nie będą miały zastosowania przepisy i definicje strony administracyjnego postępowania podatkowego zawarte w przepisach art. 133 i art. 133a (rozdziału 3 działu IV) O.p., których unormowanie art. 14 h O.p. do postępowania "interpretacyjnego" nie wprowadza.

Zarówno z przepisów Ordynacji podatkowej, jak i u.p.d.o.f. nie da się wywieść twierdzenia, że organ podatkowy jest zobowiązany do oszacowania kosztów uzyskania przychodów w sytuacji, gdy podatnik zaniedbuje swoje obowiązki w zakresie dokumentowania zdarzeń gospodarczych. To podatnik jest zobowiązany posiadać, względnie wskazać przekonywujące dowody pozwalające na ustalenia świadczące o poniesieniu

Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.

Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

Prowadzenie przez spółdzielnię mieszkaniową działalności gospodarczej nie oznacza, że w takiej sytuacji wszystkie pomieszczenia należące do niej mają być opodatkowane wyższą stawką podatku od nieruchomości. O stawce za biura czy warsztaty decyduje faktyczne wykorzystanie danej nieruchomości.