Prowadzenie przez spółdzielnię mieszkaniową działalności gospodarczej nie oznacza, że w takiej sytuacji wszystkie pomieszczenia należące do niej mają być opodatkowane wyższą stawką podatku od nieruchomości. O stawce za biura czy warsztaty decyduje faktyczne wykorzystanie danej nieruchomości.

Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.