Jako ujawnienie nowych okoliczności w znaczeniu podanym w art. 240 § 1 pkt 5 O.p. nie może być postrzegana sytuacja, w której są wyprowadzane przez sąd karny, przyjmujący odrębne kryteria orzekania, wnioski z odmiennej oceny dowodów, znanych i ocenianych niezależnie i na równi z innymi dowodami zebranymi w postępowaniu podatkowym przez organ wydający decyzję podatkową.

1. Organ podatkowy pomimo wprowadzonej regulacji art. 199a § 3 o.p., nie został zwolniony z obowiązku kwalifikowania zdarzeń na gruncie prawa podatkowego oraz oceny skutków prawno-podatkowych, jakie one wywierają. Z tych też powodów, obowiązek wystąpienia do sądu powszechnego na podstawie tego przepisu powstaje jedynie wówczas, gdy zgromadzony materiał dowodowy pozostawia wątpliwości co do istnienia

Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.

Dla opodatkowania VAT nie jest w zasadzie tak istotna nielegalność danej transakcji, lecz ocena jak taka transakcja rzutuje na realizację zasady neutralności VAT w aspekcie konkurencyjności.

Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.

Prowadzenie przez spółdzielnię mieszkaniową działalności gospodarczej nie oznacza, że w takiej sytuacji wszystkie pomieszczenia należące do niej mają być opodatkowane wyższą stawką podatku od nieruchomości. O stawce za biura czy warsztaty decyduje faktyczne wykorzystanie danej nieruchomości.

Aby uchylić decyzję z powodu braku formalnego protokołu badania ksiąg należy wykazać, że naruszenie to miało istotny wpływ na wynik sprawy.