1. Organ podatkowy pomimo wprowadzonej regulacji art. 199a § 3 o.p., nie został zwolniony z obowiązku kwalifikowania zdarzeń na gruncie prawa podatkowego oraz oceny skutków prawno-podatkowych, jakie one wywierają. Z tych też powodów, obowiązek wystąpienia do sądu powszechnego na podstawie tego przepisu powstaje jedynie wówczas, gdy zgromadzony materiał dowodowy pozostawia wątpliwości co do istnienia

Zastosowanie środka egzekucyjnego przerywa bieg terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 4 O.p., w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 września 2005 r., gdy zawiadomienie podatnika o jego zastosowaniu nastąpi przed upływem terminu przedawnienia.

Jako ujawnienie nowych okoliczności w znaczeniu podanym w art. 240 § 1 pkt 5 O.p. nie może być postrzegana sytuacja, w której są wyprowadzane przez sąd karny, przyjmujący odrębne kryteria orzekania, wnioski z odmiennej oceny dowodów, znanych i ocenianych niezależnie i na równi z innymi dowodami zebranymi w postępowaniu podatkowym przez organ wydający decyzję podatkową.

Dla opodatkowania VAT nie jest w zasadzie tak istotna nielegalność danej transakcji, lecz ocena jak taka transakcja rzutuje na realizację zasady neutralności VAT w aspekcie konkurencyjności.

Podatnik z mocy prawa podlega opodatkowaniu w systemie marży, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust 10 i 11 ustawy o VAT, w przypadku natomiast braku wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w ust. 10 i 11 nie ma możliwości zastosowania opodatkowania w systemie marży.

Prowadzenie przez spółdzielnię mieszkaniową działalności gospodarczej nie oznacza, że w takiej sytuacji wszystkie pomieszczenia należące do niej mają być opodatkowane wyższą stawką podatku od nieruchomości. O stawce za biura czy warsztaty decyduje faktyczne wykorzystanie danej nieruchomości.