Przepis art. 20 ust. 3 u.p.d.o.f. – w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 1998 r. do 31 grudnia 2006 r. – oceniony został jako niekonstytucyjny, a więc nie może zostać uznany za zgodną z prawem podstawę rozstrzygnięcia spraw podatkowych oraz podstawę ich kontroli przez sądy administracyjne; ponadto – nie może stanowić podstawy prawnej wszczynania i kontynuowania postępowań podatkowych.

Przepis art. 78a O.p. znajduje zastosowanie dla dalszego naliczania oprocentowania po dokonaniu niepełnego zwrotu, gdy organ podatkowy zwraca jedynie część należności, nie pokrywającą całej kwoty nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Jeżeli organ podatkowy, bez względu na przyczynę, nie zwróci kwoty wystarczającej na pokrycie zwrotu podatku i oprocentowania, kwotę zwrotu zalicza się proporcjonalnie na poczet