Przepisy art. 86 ust. 3 i ust. 6 oraz art. 88 ust. 1 pkt 3 w brzmieniu obowiązującym od dnia 1.05.2004 r. są niezgodne z VI Dyrektywą wyłącznie w tym zakresie, w którym zwiększyły ograniczenia odliczenia podatku naliczonego w stosunku do ograniczeń istniejących w tym zakresie w dniu 30.04.2004 r. Natomiast w zakresie w jakim nie rozszerzają powyższych ograniczeń są zgodne z zasada stanstill wynikającą

Na gruncie do art. 8 ust. 1 ustawy o VAT przy ustalaniu przedmiotu opodatkowania świadczenia usług o złożonym charakterze, jakie stanowią umowy kooperacyjne, należy uwzględniać podstawowy cel wynikający z takich porozumień gospodarczych, a nie dokonywać wyodrębniania poszczególnych czynności służących realizacji tego celu dla potrzeb podatkowych w sposób oderwany od ich sensu gospodarczego.

Treść pojęcia "ważny interes podatnika" funkcjonuje w zdecydowanie szerszym znaczeniu uwzględniającym nie tylko sytuacje nadzwyczajne, ale również normalną sytuację ekonomiczną podatnika, wysokość uzyskiwanych przez niego dochodów oraz wydatków, a w tym względzie również wydatków ponoszonych w związku z ochroną zdrowia własnego lub członków najbliższej rodziny (koszty leczenia), co nakazuje rozpatrzenie

Art. 74 pkt 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie także do należności z tytułu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług, o którym mowa w art. 87 ust. 1 ustawy o VAT.