Uiszczenie opłaty legalizacyjnej jest obligatoryjnym elementem procesu legalizacji samowolnie wybudowanego obiektu. Bez uiszczenia przez inwestora opłaty legalizacyjnej organ nie może bowiem wydać decyzji o zatwierdzeniu projektu budowlanego i decyzji i pozwoleniu na wznowienie robót bądź decyzji o zatwierdzeniu projektu budowlanego, jeżeli budowa została zakończona.

Firma, która płaci karę umowną, żeby uniknąć wyższego odszkodowania i uchronić swoje źródła przychodów, może ją zaliczyć do kosztów.

Decyzja o odmowie zastosowania ulgi w spłacie zobowiązań podatkowych jest decyzją w przedmiocie jej zastosowania, a więc mieści się w granicach uprawnienia udzielonego organom podatkowym w art. 67a § 1 Ordynacji podatkowej.