Ciężar dowodu nie może spoczywać jedynie na organach podatkowych. Zasada ta nie przeczy treści art. 122 O.p. W sytuacji, gdy organy dostatecznie wykażą, że faktury, z których strona wywodziła prawo do odliczenia, nie dokumentują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, to rolą strony jest przedstawienie kontr dowodów, które takie twierdzenie by obalały, a co najmniej podważały ich logiczną poprawność.

Po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego organ podatkowy nie może go już sprawdzać.