Przyznanie prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie faktury nie dokumentującej transakcji rzeczywistej, tj. zgodnej pod względem podmiotowym i przedmiotowym z tą odzwierciedloną na fakturze, np. nabycia przez odbiorcę faktury od jej wystawcy paliwa wskazanego w fakturze w podanej w niej ilości, byłoby nie do pogodzenia z elementarnymi zasadami mechanizmu rozliczeń funkcjonującego w podatku

Nieważność decyzji może stanowić następstwo rażącego naruszenia także tych przepisów, które zgodnie z ich treścią i mocą obowiązującą tworzą rzeczywisty stan prawny, w jakim rozstrzygnięcie zostało podjęte, będąc wynikiem ciężkiego naruszenia prawnie uregulowanego porządku lub treści czynności prowadzonych w postępowaniu zmierzającym do wydania decyzji lub też w stadium orzekania, czyli przy załatwieniu

Przyjmując, że regulacje Ordynacji podatkowej tworzą całość normatywną, nie jest możliwe pominięcie przy zastosowaniu art. 76 § 1 regulacji zawartej w art. 239 a Op., a więc dokonywania zaliczania czy to nadpłat czy zwrotów podatków na poczet zaległości podatkowych wynikających z nieostatecznych decyzji. Zaliczenie nadpłaty czy zwrotu podatku prowadzi - w myśl art. 59 § 1 pkt 4 Op. do wygaśnięcie zobowiązania

Tylko gdy podmiot gospodarczy podjął wszelkie działania, jakich można od niego w sposób uzasadniony oczekiwać, w celu upewnienia się, że transakcje, w których uczestniczy, nie wiążą się z przestępstwem, czy to w zakresie podatku VAT, czy w innej dziedzinie, może on domniemywać legalności tych transakcji bez ryzyka utraty prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT.