Nieważność decyzji może stanowić następstwo rażącego naruszenia także tych przepisów, które zgodnie z ich treścią i mocą obowiązującą tworzą rzeczywisty stan prawny, w jakim rozstrzygnięcie zostało podjęte, będąc wynikiem ciężkiego naruszenia prawnie uregulowanego porządku lub treści czynności prowadzonych w postępowaniu zmierzającym do wydania decyzji lub też w stadium orzekania, czyli przy załatwieniu

Tylko gdy podmiot gospodarczy podjął wszelkie działania, jakich można od niego w sposób uzasadniony oczekiwać, w celu upewnienia się, że transakcje, w których uczestniczy, nie wiążą się z przestępstwem, czy to w zakresie podatku VAT, czy w innej dziedzinie, może on domniemywać legalności tych transakcji bez ryzyka utraty prawa do odliczenia naliczonego podatku VAT.

Przyjmując, że regulacje Ordynacji podatkowej tworzą całość normatywną, nie jest możliwe pominięcie przy zastosowaniu art. 76 § 1 regulacji zawartej w art. 239 a Op., a więc dokonywania zaliczania czy to nadpłat czy zwrotów podatków na poczet zaległości podatkowych wynikających z nieostatecznych decyzji. Zaliczenie nadpłaty czy zwrotu podatku prowadzi - w myśl art. 59 § 1 pkt 4 Op. do wygaśnięcie zobowiązania