Termin zwrotu różnicy podatku od towarów i usług wynika z ustawy regulującej ten podatek (art.87 ust. 2 u.p.t.u.). Organ ma obowiązek dokonania zwrotu najpóźniej w ostatnim dniu tego terminu. Postanowienie o zaliczeniu powinno w związku z tym, zgodnie z zasadą pogłębiania zaufania do działania organów podatkowych (art.121 § 1 O.p.) być wydane niezwłocznie po dokonaniu zaliczenia, a najpóźniej w dniu

Organ podatkowy dokonując z urzędu zaliczenia nadpłaty na poczet bieżącego zobowiązania (art. 76 § 1 O.p.) w zaliczce miesięcznej (art. 25 ust. 1a u.p.d.o.p.) nie może dokonywać tego zaliczenia z dniem 20 dnia miesiąca następującego, skoro zobowiązanie w zaliczce jako zobowiązanie bieżące już istniało.

Charakter prawny zwrotu podatku od towarów i usług pozwala zatem na wyprowadzenie twierdzenia, że odpowiednie stosowanie przepisów o nadpłacie do zwrotu podatku od towarów i usług polega na ich stosowaniu, bez modyfikacji, do formy rozstrzygania o zaliczeniu, przestrzegania zasady proporcjonalnego zaliczania kwoty zwrotu na poczet zaległości i odsetek, a także zasady kolejności zaliczania kwoty zwrotu