Skoro wydanie postanowienia o zaliczeniu zwrotu na poczet zaległości podatkowej nastąpiło w ramach postępowania wszczętego złożeniem deklaracji, w której zwrot ten wykazano i deklaracja ta nie była podpisana przez pełnomocnika (art. 80 a § 1 Ordynacji podatkowej) bądź nie dołączono do niej pełnomocnictwa, z którego wynikałoby, że strona chce być w sprawie zwrotu podatku reprezentowana przez pełnomocnika

Dla rozstrzygnięcia czy w danym przypadku mamy do czynienia z samodzielnie prowadzoną działalnością gospodarczą, o której mowa w art. 15 ust.1 i 2 ustawy o VAT, czy też nie podlegającą opodatkowaniu działalnością wykonywaną osobiście, o której mowa w art. 15 ust.3 pkt 3 znaczenie powinny mieć wskazane okoliczności czy działalność: wykonywana jest przy wykorzystaniu infrastruktury i organizacji wewnętrznej

Postępowania w sprawie zaliczenia nadpłaty nie można uznać za kontynuację postępowania podatkowego dotyczącego zobowiązań podatkowych, które nie zostały zapłacone w terminie. Jest to część postępowania dotyczącego zwrotu podatku, dotycząca wykonania tego zwrotu.

W sytuacji, w której występują wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego, organ podatkowy obowiązany jest wystąpić do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego. W tym zakresie ustawodawca nie pozostawia organowi żadnego wyboru.

Jeżeli przeprowadzone postępowanie podatkowe wykaże, że odliczenie podatku naliczonego przez działającego w dobrej wierze podatnika nastąpiło z faktury VAT niezarejestrowanego podatnika, który obiektywnie był zobligowany do jej wystawienia, lecz jedynie brak formalny rejestracji czynił go nieuprawnionym w tym zakresie, przy jednoczesnym ustaleniu, że podatnik ten zarejestrował się, a wykazany na fakturze

W odniesieniu do zasady skuteczności należy podkreślić, że pięcioletni termin zawity, o którym mowa w art. 86 ust.13 ustawy o VAT, sam w sobie nie jest w stanie praktycznie uniemożliwić lub nadmiernie utrudnić wykonywania prawa do odliczenia, skoro art. 18 ust. 2 VI Dyrektywy umożliwia państwom członkowskim wprowadzenie wymagania, by podatnik wykonywał przysługujące mu prawo do odliczenia w tym samym