Zakres postępowania dowodowego, jakie winny przeprowadzić organy podatkowe, determinuje treść przepisu prawa materialnego, który znajdzie zastosowanie w sprawie. Zgodnie z art. 122 Ordynacji podatkowej obowiązkiem organów podatkowych jest bowiem ustalenie faktów mających znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, a więc wynikających z hipotezy normy prawa materialnego.

Jedynie w wyjątkowych przypadkach organ podatkowy obowiązany był uwzględnić z urzędu podatek naliczony. Dotyczyło to jedynie sytuacji, gdy podatnik w danym okresie rozliczeniowym przedwcześnie zadeklarował podatek naliczony.

Brak faktycznego wywozu towaru za granicę skutkuje utratą prawa do zastosowania preferencyjnej stawki 0% podatku VAT.

W świetle art. 21 ust. 1 pkt 46 lit.b) u.p.d.o.f. nie podlegają zwolnieniu dochody uzyskiwane przez podatnika wykonującego na podstawie umowy o pracę określone czynności w ramach realizowanego przez beneficjenta bezzwrotnej pomocy unijnej programu finansowanego ze środków pomocowych.